Chromobox protein homolog 3
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 110–176 | 未记录 | Transcription intermediary factor 1-beta × 1 (Q13263) | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;291 K;1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000 | 分辨率 1.77 Å R-free 0.236 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9OSC | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22 | 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
29–81(53 aa)
片段:UNP Residues 29-81
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4;298 K;离子强度(mmCIF原始值)200;压力 ambient
NMR样品组成
20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 E
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 G
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 A
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
链 C
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
链 E
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
链 G
29–86(58 aa)
片段:Chromo 1 domain: Residues 29-86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.267 |
| 3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
110–173(64 aa)
片段:Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)
链 B
110–173(64 aa)
片段:Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.261 |
| 3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
110–173(64 aa)
片段:Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)
链 D
110–173(64 aa)
片段:Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.261 |
| 3TZD Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) 提交 2011-09-27 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
29–81(53 aa)
片段:UNP residues 29-81
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;300 K;peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.231 |
| 5T1I CBX3 chromo shadow domain in complex with histone H3 peptide 提交 2016-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
110–176(67 aa)
片段:unp residues 110-176
链 B
110–176(67 aa)
片段:unp residues 110-176
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5% Ethylene Glycol
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分辨率 1.60 Å R-free 0.239 |
| 6HW2 The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains 提交 2018-10-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
109–183(75 aa)
链 C
109–183(75 aa)
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未记录 | CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5;292 K;0.15 M NaCl, 12-14% PEG 3350 , pH 5.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.209 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | CBX3_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–67; UniProt 110–176 |