9ow2

Crystal Structure of the Surface Protein (CD630_07380) from Clostridium difficile Strain 630

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ow2
沉积日期 deposition_date	2025-06-02
最后修订 last_revision	2025-06-18
结构标题 title	Crystal Structure of the Surface Protein (CD630_07380) from Clostridium difficile Strain 630
关键词 keywords	Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID), Membrane protein, Structural Genomics; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.62 Å
零角强度 I(0) i0	57380400.00
分子量 molecular_weight	61633.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78360 Å³
包络体积 envelope_volume	94647 Å³
水化壳体积 shell_volume	30005 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.60 Å
包络 Rg envelope_rg	26.79 Å
形状 Rg shape_rg	26.58 Å
总 Rg total_rg	27.49 Å
总原子数 total_atoms	4319
残基数 n_residues	507
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8777
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.920

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Exported protein
分子量 formula_weight	32572.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4541

MIKYNNNKLIYSNMIDKKTQNSVKEILKENKINEKDIDTFIKAVNNYNKLQVKILQNNINISKSGYSSINAKQVPYNLEKLQDNWVKKFPDYMDVNCRITAFRLFKDFINSNKKFTGDSIDLNVDLDTIMNNKDAKFSTKDVEKFINFFSAIPAKDTDDTIKIAEQIKNEWKKRKISFKNNKNIYIINGFLRYPETKNVFIGHTGICIKTKNGILFLEKYGVTSPYQVTKFKNKEDVKNYMFNRLKMSEGEIELPDPIIMENDKLMKHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile 630
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272563
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL
分子量 formula_weight	634.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.080 Å
晶胞边长 b length_b	94.872 Å
晶胞边长 c length_c	57.093 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	28.550 Å
R 因子 r_factor	0.1815
R_work r_work	0.1792
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/ow/9ow2/9ow2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/9ow2/9ow2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/9ow2/9ow2.dat