9ow8

Structure of A. thaliana TBP bound to TBP-TG_P nicked DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ow8
沉积日期 deposition_date	2025-06-02
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	Structure of A. thaliana TBP bound to TBP-TG_P nicked DNA
关键词 keywords	TBP, nicked DNA, A. thaliana, transcription, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.84 Å
零角强度 I(0) i0	275854000.00
分子量 molecular_weight	136410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171460 Å³
包络体积 envelope_volume	257630 Å³
水化壳体积 shell_volume	52731 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.25 Å
包络 Rg envelope_rg	41.74 Å
形状 Rg shape_rg	42.87 Å
总 Rg total_rg	42.88 Å
总原子数 total_atoms	9559
残基数 n_residues	1168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	275800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8716
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.618

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	TATA-box-binding protein 1
分子量 formula_weight	22682.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H,I,J
原子数 atom_count	9837

GSHMTDQGLEGSNPVDLSKHPSGIVPTLQNIVSTVNLDCKLDLKAIALQARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVCTGAKSEDFSKMAARKYARIVQKLGFPAKFKDFKIQNIVGSCDVKFPIRLEGLAYSHAAFSSYEPELFPGLIYRMKVPKIVLLIFVSGKIVITGAKMRDETYKAFENIYPVLSEFRKIQQ

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPAPTPAPAPAPTPGPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3646.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

CTATAAATGCGC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPTPTPAPTPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2440.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

ATTTATAG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	278

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.117 Å
晶胞边长 b length_b	117.524 Å
晶胞边长 c length_c	102.066 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.570 Å
R 因子 r_factor	0.2049
R_work r_work	0.2024
R_free r_free	0.2533

fit	/app/data/saxs_computation/ow/9ow8/9ow8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/9ow8/9ow8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/9ow8/9ow8.dat

Structure of A. thaliana TBP bound to TBP-TG_P nicked DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)