9owf

X-ray crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with Fab of F25.S02

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9owf
沉积日期 deposition_date	2025-06-02
结构标题 title	X-ray crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with Fab of F25.S02
关键词 keywords	Orthoflavivirus, Zika, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.88 Å
零角强度 I(0) i0	496046000.00
分子量 molecular_weight	181130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	225030 Å³
包络体积 envelope_volume	332000 Å³
水化壳体积 shell_volume	56236 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.0 Å
壳层 Rg shell_rg	52.99 Å
包络 Rg envelope_rg	48.09 Å
形状 Rg shape_rg	49.87 Å
总 Rg total_rg	50.03 Å
总原子数 total_atoms	25075
残基数 n_residues	1623
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.1 Å
Rg (实空间) rg_real	49.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	495900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8209
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.837
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	44141.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	26033

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDIVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSG

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	64320
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	F25.S02 heavy chain
分子量 formula_weight	25575.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

QVQLVQSGAEVKKPGSSAKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGSIMPIFGTVNYAQKFQGRVTITADESTSTAYMELSRLRSEDTAVYFCARGWGGNYRSADLWIYFDLWGQGTLVTVSSRSTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	F25.S02 light chain
分子量 formula_weight	23023.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

QSALTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTSSDVGGYKYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEADYYCCSYAGSYTHVVFGGGTKLTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	438

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	117.855 Å
晶胞边长 b length_b	117.855 Å
晶胞边长 c length_c	346.096 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.700 Å
R 因子 r_factor	0.2277
R_work r_work	0.2254
R_free r_free	0.2736

fit	/app/data/saxs_computation/ow/9owf/9owf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/9owf/9owf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/9owf/9owf.dat

X-ray crystal structure of Zika virus envelope glycoprotein in complex with Fab of F25.S02

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)