9p0p

Crystal structure of 23S rRNA methyltransferase Cfr, apoenzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p0p
沉积日期 deposition_date	2025-06-07
结构标题 title	Crystal structure of 23S rRNA methyltransferase Cfr, apoenzyme
关键词 keywords	;Cfr, antibiotic resistance, 23S rRNA, antimicrobial resistance, methyltransferase, A2503, Structural Genomics, Center for Structural Biology of Infectious Diseases, CSBID, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.02 Å
零角强度 I(0) i0	20799000.00
分子量 molecular_weight	35268.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44530 Å³
包络体积 envelope_volume	54085 Å³
水化壳体积 shell_volume	21459 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.91 Å
包络 Rg envelope_rg	22.07 Å
形状 Rg shape_rg	22.02 Å
总 Rg total_rg	22.84 Å
总原子数 total_atoms	2482
残基数 n_residues	305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.151
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5549000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribosomal RNA large subunit methyltransferase Cfr
分子量 formula_weight	39911.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.224
突变 mutation	N2K,N4G,F15W,I26M,S39T,K45T,V46N,L50Q,L68I,K86D,N87G,N94I,S172V,I200L,H243Y,L246K,N269K,H323N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2483

MKFGNKTKYGKIQEWLRSNNEPDYRMKQITNAIFKQRITRFEDMTNLPKQLREDLINNFGETVLNIKILAEQNSEQVTKVLFEVSDGERVETVIMKYKAGWESFCISSQCGCNFGCKFCATGDIGLKKNLTVDEITDQVLYFHLLGHQIDSISFMGMGEALANRQVFDALDVFTDPNLFALSPRRLSISTIGIIPSIKKLTQEYPQVNLTFSLHSPYSEERSKLMPINDRYPIDEVMNILDEYIRKTSRKVYIAYIMLPGVNDSLEHAKEVVSLLKSRYKSGKLYHVNLIRYNPTISAPEMYGEANEGQVEAFYKVLKSAGINVTIRSQFGIDIDAACGQLYGNYQNSQ

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.319 Å
晶胞边长 b length_b	58.612 Å
晶胞边长 c length_c	115.945 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	42.210 Å
R 因子 r_factor	0.2568
R_work r_work	0.2541
R_free r_free	0.3093

fit	/app/data/saxs_computation/p0/9p0p/9p0p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/9p0p/9p0p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/9p0p/9p0p.dat

Crystal structure of 23S rRNA methyltransferase Cfr, apoenzyme

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)