9p3j

Crystal Structure of Xyloglucan Xylosyltransferase 2 and Xyloglucan Xylosyltransferase 5 Heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p3j
沉积日期 deposition_date	2025-06-14
结构标题 title	Crystal Structure of Xyloglucan Xylosyltransferase 2 and Xyloglucan Xylosyltransferase 5 Heterodimer
关键词 keywords	Glycosyltransferase, Multiprotein, Hemicellulose, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.32 Å
零角强度 I(0) i0	1390580000.00
分子量 molecular_weight	320920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	404650 Å³
包络体积 envelope_volume	543250 Å³
水化壳体积 shell_volume	89122 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.7 Å
壳层 Rg shell_rg	56.09 Å
包络 Rg envelope_rg	48.04 Å
形状 Rg shape_rg	49.34 Å
总 Rg total_rg	49.44 Å
总原子数 total_atoms	44806
残基数 n_residues	2755
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1391000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8843
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.123
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	513200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.837

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Xyloglucan 6-xylosyltransferase 2
分子量 formula_weight	48475.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.39,2.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	44816

GKFGTPEQDLDEIRQHFHARKRGEPHRVLEEIQTGGDSSSGDGGGNSGGSNNYETFDINKIFVDEGEEEKPDPNKPYTLGPKISDWDEQRSDWLAKNPSFPNFIGPNKPRVLLVTGSAPKPCENPVGDHYLLKSIKNKIDYCRLHGIEIFYNMALLDAEMAGFWAKLPLIRKLLLSHPEIEFLWWMDSDAMFTDMAFELPWERYKDYNLVMHGWNEMVYDQKNWIGLNTGSFLLRNNQWALDLLDTWAPMGPKGKIREEAGKVLTRELKDRPVFEADDQSAMVYLLATQRDAWGNKVYLESGYYLHGYWGILVDRYEEMIENYHPGLGDHRWPLVTHFVGCKPCGKFGDYPVERCLKQMDRAFNFGDNQILQIYGFTHKSLASRKVKRVRNETSNPLEMKDELGLLHPAFKAVKVQTNQV

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Xyloglucan 6-xylosyltransferase 5
分子量 formula_weight	44666.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.39,2.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GNLGSSSADAVNQNIIEETNRILAEIRSDSDPTDLDEPQEGDMNPNATYVLGPKITDWDSQRKVWLNQNPEFPSTVNGKARILLLTGSPPKPCDNPIGDHYLLKSVKNKIDYCRLHGIEIVYNMAHLDKELAGYWAKLPMIRRLMLSHPEVEWIWWMDSDALFTDILFQIPLARYQKHNLVIHGYPDLLFDQKSWIALNTGSFLLRNCQWSLDLLDAWAPMGPKGPIRDEAGKVLTAYLKGRPAFEADDQSALIYLLLSQKDTWMEKVFVENQYYLHGFWEGLVDRYEEMIEKYHPGLGDERWPFVTHFVGCKPCGSYADYAVERCLKSMERAFNFADNQVLKLYGFSHRGLLSPKIKRIRNETVSPLEFVDKFDIRRTPVETKPQN

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.492 Å
晶胞边长 b length_b	112.863 Å
晶胞边长 c length_c	116.607 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	69.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.080 Å
R 因子 r_factor	0.2224
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2669

fit	/app/data/saxs_computation/p3/9p3j/9p3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/9p3j/9p3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/9p3j/9p3j.dat

Crystal Structure of Xyloglucan Xylosyltransferase 2 and Xyloglucan Xylosyltransferase 5 Heterodimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)