SAXSdb — 9p4j

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p4j
沉积日期 deposition_date	2025-06-16
结构标题 title	The structure of Retron Eco8 in Apo state
关键词 keywords	anti-phage, bacterial immunity, retron, DNA, RNA, reverse transcription, Transferase-Hydrolase-DNA-RNA complex; Transferase/Hydrolase/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.85 Å
零角强度 I(0) i0	8613140000.00
分子量 molecular_weight	681850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	810050 Å³
包络体积 envelope_volume	1327800 Å³
水化壳体积 shell_volume	169280 Å³
包络直径 envelope_diameter	236.8 Å
壳层 Rg shell_rg	68.66 Å
包络 Rg envelope_rg	61.79 Å
形状 Rg shape_rg	62.73 Å
总 Rg total_rg	63.31 Å
总原子数 total_atoms	47375
残基数 n_residues	4960
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.9 Å
Rg (实空间) rg_real	65.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7760e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8620000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8691
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	74.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	818900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.834

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Retron Eco8 OLD nuclease
分子量 formula_weight	87373.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	47375

MTIESIRVKNLLSFDDVILRDFRDINCIIGRNNVGKSNLLKVIRYFYAKLENKKVIPLDFHTNYNAVGEITFTFDTTRIKKIVTSRKNNGRFHKHIYNTLFKSSSVKLNFEELIARKNSTNKSFFSLTLTICKDDSVMWSVDDPKVRSLLATLYPFLYIETRHIDLYDWNPIWKLISNLNSFNFDDVDHDELVNFLDEKISSRKGDYKKYIDRVVSVIDTKPYTYKEKVINYIKVAIKGDSFVNAGEELFTQSDGTNSNKFLETLLHLLITLTRTEFISPIVYIDEPEVGLHPKLAESFVSNLNKIYSKFKKTSELSGPGRYKTPYPNIFYSTHSPSILKQTIKLFGKDQQVLHFSKKKDGSTRVNKINSTYSDERFLNIFSDNEARLFFSEYIVFVEGATELELFRNLSLLNLYPAFSLADIYDANEVILANINPGYSKASIPFVIIKDIDTLIDYSIKTEKFSLRPLFEKMIKELTKEFDYYDTGFGRVRKEIDLFSDIQSSTKKHMDSGLFFKRFSLHNLSSRINKVSRKLNRYFMTTTIEGALINEQSLPYFFNWIGDVILTQMTINNPNPDKFIEAMRRRYNIKSQVVPLFKSVFCIGLNHPVYSSAVDKQALRIKLSFLNYLKRKVYSDFNNEKEIVLALRLAFGGKTETQYTLDKLRKDGEAELFREKIKNYKNNELFFLEPQMTKTSGWVTTFLNYTIEKITSEESDDDRIRQKLSFIFPEIISIIEQASSSIEAEESSLTG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Retron Eco8 reverse transcriptase
分子量 formula_weight	44213.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

KTKKMILVDKVFYEKILSVESFKENIITQSAIPKISNKEVRLISSGSKIFYAINNTSPHSHVQLRLNRFFLSHIPLNSAAKAFVRGGSYLKYLEPHIYGSSYCRLDISSFFNNISFDDVKQSLSPYIKDEYLIGTEQKLIDAILNSVGYESPIRKDKGMIIPMGFRTSPAISNIVFRKMDLLIQDFCAKKGVIYSRYADDMLFSNPRESKLLMSDYFIDEISSLLSIMGFNINQSKYISREKEISINGYVIENKGGNGSIGTIRLSKSKLNTVLKVTHALAQNIPYKNICNKYIKVRLKEKNIKYESKKDEFEKKYYRDQLINYLGGYRSYLISLVKFHSEYKCVNSDFIIQINGILNDIQNHIQKIKKNRRLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	msrRNA
分子量 formula_weight	25986.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J,K,L

AAGCUUCUUCUUCGAUAGAAGCUGAGGAGUCCAGUUUGACUGGAUAAGGUGUUCGCCAUCUCUAGCCUCAGUAAAAACUAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	msdDNA
分子量 formula_weight	23126.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,N,O,P

CAAGACCAATCTTTACACTCTGTGAGTATTAAAGTTACCTATAGCGCCAAGTGCGCAAAGGATGAGCTAGTTTTT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.68 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	421879

fit	/app/data/saxs_computation/p4/9p4j/9p4j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p4/9p4j/9p4j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p4/9p4j/9p4j.dat

The structure of Retron Eco8 in Apo state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)