SAXSdb — 9lpa

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lpa
沉积日期 deposition_date	2025-01-24
结构标题 title	The cryo-EM structure of retron Eco8 in an active state
关键词 keywords	;retron, multi-copy single-stranded DNA, Eco8, anti-phage defense, OLD-family endonuclease, reverse transcriptase, ANTITOXIN/DNA/RNA, ANTITOXIN-DNA-RNA complex ;; ANTITOXIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.77 Å
零角强度 I(0) i0	6601700000.00
分子量 molecular_weight	629720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	764430 Å³
包络体积 envelope_volume	1157600 Å³
水化壳体积 shell_volume	154370 Å³
包络直径 envelope_diameter	216.8 Å
壳层 Rg shell_rg	65.84 Å
包络 Rg envelope_rg	59.29 Å
形状 Rg shape_rg	59.68 Å
总 Rg total_rg	60.20 Å
总原子数 total_atoms	43952
残基数 n_residues	4800
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.5 Å
Rg (实空间) rg_real	61.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3840e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6605000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8684
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	75.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	751300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Retron Eco8 OLD nuclease
分子量 formula_weight	87373.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,I,M
原子数 atom_count	43952

MTIESIRVKNLLSFDDVILRDFRDINCIIGRNNVGKSNLLKVIRYFYAKLENKKVIPLDFHTNYNAVGEITFTFDTTRIKKIVTSRKNNGRFHKHIYNTLFKSSSVKLNFEELIARKNSTNKSFFSLTLTICKDDSVMWSVDDPKVRSLLATLYPFLYIETRHIDLYDWNPIWKLISNLNSFNFDDVDHDELVNFLDEKISSRKGDYKKYIDRVVSVIDTKPYTYKEKVINYIKVAIKGDSFVNAGEELFTQSDGTNSNKFLETLLHLLITLTRTEFISPIVYIDEPEVGLHPKLAESFVSNLNKIYSKFKKTSELSGPGRYKTPYPNIFYSTHSPSILKQTIKLFGKDQQVLHFSKKKDGSTRVNKINSTYSDERFLNIFSDNEARLFFSEYIVFVEGATELELFRNLSLLNLYPAFSLADIYDANEVILANINPGYSKASIPFVIIKDIDTLIDYSIKTEKFSLRPLFEKMIKELTKEFDYYDTGFGRVRKEIDLFSDIQSSTKKHMDSGLFFKRFSLHNLSSRINKVSRKLNRYFMTTTIEGALINEQSLPYFFNWIGDVILTQMTINNPNPDKFIEAMRRRYNIKSQVVPLFKSVFCIGLNHPVYSSAVDKQALRIKLSFLNYLKRKVYSDFNNEKEIVLALRLAFGGKTETQYTLDKLRKDGEAELFREKIKNYKNNELFFLEPQMTKTSGWVTTFLNYTIEKITSEESDDDRIRQKLSFIFPEIISIIEQASSSIEAEESSLTG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Retron Eco8 reverse transcriptase
分子量 formula_weight	43273.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,J,N

MKTKKMILVDKVFYEKILSVESFKENIITQSAIPKISNKEVRLISSGSKIFYAINNTSPHSHVQLRLNRFFLSHIPLNSAAKAFVRGGSYLKYLEPHIYGSSYCRLDISSFFNNISFDDVKQSLSPYIKDEYLIGTEQKLIDAILNSVGYESPIRKDKGMIIPMGFRTSPAISNIVFRKMDLLIQDFCAKKGVIYSRYADDMLFSNPRESKLLMSDYFIDEISSLLSIMGFNINQSKYISREKEISINGYVIENKGGNGSIGTIRLSKSKLNTVLKVTHALAQNIPYKNICNKYIKVRLKEKNIKYESKKDEFEKKYYRDQLINYLGGYRSYLISLVKFHSEYKCVNSDFIIQINGILNDIQNHIQKIKKNRRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (161-MER)
分子量 formula_weight	51705.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O

GCUUCUUCUUCGAUAGAAGCUGAGGAGUCCAGUUUGACUGGAUAAGGUGUUCGCCAUCUCUAGCCUCAGUAAAAACUAGCUCAUCCUUUGCGCACUUGGCGCUAUAGGUAACUUUAAUACUCACAGAGUGUAAAGAUUGGUCUUGGUAUCGGAGAAGAAGC

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (75-MER)
分子量 formula_weight	23126.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

CAAGACCAATCTTTACACTCTGTGAGTATTAAAGTTACCTATAGCGCCAAGTGCGCAAAGGATGAGCTAGTTTTT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	25017

fit	/app/data/saxs_computation/lp/9lpa/9lpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lp/9lpa/9lpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lp/9lpa/9lpa.dat

The cryo-EM structure of retron Eco8 in an active state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)