9p6a

The catalytic domain of MEKK2 in complex with ponatinib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p6a
沉积日期 deposition_date	2025-06-18
结构标题 title	The catalytic domain of MEKK2 in complex with ponatinib
关键词 keywords	Kinase, ponatinib, AP24534, MAP3K, MAP kinase kinase kinase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.87 Å
零角强度 I(0) i0	103300000.00
分子量 molecular_weight	53774.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52107 Å³
包络体积 envelope_volume	94150 Å³
水化壳体积 shell_volume	27625 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.74 Å
包络 Rg envelope_rg	28.12 Å
形状 Rg shape_rg	28.84 Å
总 Rg total_rg	29.44 Å
总原子数 total_atoms	4076
残基数 n_residues	500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.146
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.877
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2
分子量 formula_weight	33768.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4108

GAMGRIRRRGSDIDNPTLTVMDISPPSRSPRAPTNWRLGKLLGQGAFGRVYLCYDVDTGRELAVKQVQFDPDSPETSKEVNALECEIQLLKNLLHERIVQYYGCLRDPQEKTLSIFMEYMPGGSIKDQLKAYGALTENVTRKYTRQILEGVHYLHSNMIVHRDIKGANILRDSTGNVKLGDFGASKRLQTICLSGTGMKSVTGTPYWMSPEVISGEGYGRKADIWSVACTVVEMLTEKPPWAEFEAMAAIFKIATQPTNPKLPPHVSDYTRDFLKRIFVEAKLRPSADELLRHMFVHYH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide
分子量 formula_weight	532.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.300 Å
晶胞边长 b length_b	91.300 Å
晶胞边长 c length_c	145.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	48.410 Å
R 因子 r_factor	0.2284
R_work r_work	0.2274
R_free r_free	0.2464

fit	/app/data/saxs_computation/p6/9p6a/9p6a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p6/9p6a/9p6a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p6/9p6a/9p6a.dat

The catalytic domain of MEKK2 in complex with ponatinib

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction