9p6c

RTX domain block V of adenylate cyclase toxin with mutations D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 77.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p6c
沉积日期 deposition_date	2025-06-18
最后修订 last_revision	2025-12-24
结构标题 title	RTX domain block V of adenylate cyclase toxin with mutations D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N
关键词 keywords	Calcium binding, Repeats-In-Toxin, beta roll, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.54 Å
零角强度 I(0) i0	21726600.00
分子量 molecular_weight	32872.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39834 Å³
包络体积 envelope_volume	45606 Å³
水化壳体积 shell_volume	19261 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.79 Å
包络 Rg envelope_rg	21.34 Å
形状 Rg shape_rg	20.58 Å
总 Rg total_rg	21.19 Å
总原子数 total_atoms	2292
残基数 n_residues	310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.624
峰度 Kurtosis kurtosis	0.299
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2757000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.484; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.947

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemolysin
分子量 formula_weight	19141.5 kDa
突变 mutation	D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2331

MRGSHHHHHHGSHMELGASGSARNDVLIGDAGNNVLNGLAGNDVLSGGAGNDVLLGDEGNDLLSGDAGNDDLFGGQGNDTYLFGVGYGNDTIYESGGGNDTIRINAGADQLWFARQGNDLEIRILGTDDALTVHDWYRDADHRVEIIHAANQAVDQAGIEKLVEAMAQYPDEFTSLEKLN

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	33.305 Å
晶胞边长 b length_b	38.003 Å
晶胞边长 c length_c	57.016 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.13 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.61 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	30.580 Å
R 因子 r_factor	0.2316
R_work r_work	0.2285
R_free r_free	0.2923

fit	/app/data/saxs_computation/p6/9p6c/9p6c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p6/9p6c/9p6c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p6/9p6c/9p6c.dat

RTX domain block V of adenylate cyclase toxin with mutations D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction