9p0d

Crystal structure of Sr2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 55.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p0d
沉积日期 deposition_date	2025-06-06
最后修订 last_revision	2026-01-07
结构标题 title	Crystal structure of Sr2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis
关键词 keywords	ion binding, beta roll, cation binding, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.11 Å
零角强度 I(0) i0	6788470.00
分子量 molecular_weight	17359.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20751 Å³
包络体积 envelope_volume	23027 Å³
水化壳体积 shell_volume	13099 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.77 Å
包络 Rg envelope_rg	15.60 Å
形状 Rg shape_rg	15.09 Å
总 Rg total_rg	16.10 Å
总原子数 total_atoms	1181
残基数 n_residues	156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6788000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7821
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.109
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	485300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemolysin
分子量 formula_weight	19009.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1297

MRGSHHHHHHGSHMELGASGSARDDVLIGDAGANVLNGLAGNDVLSGGAGDDVLLGDEGSDLLSGDAGNDDLFGGQGDDTYLFGVGYGHDTIYESGGGHDTIRINAGADQLWFARQGNDLEIRILGTDDALTVHDWYRDADHRVEIIHAANQAVDQAGIEKLVEAMAQYPDEFTSLEKN

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMYL GROUP
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.540 Å
晶胞边长 b length_b	73.095 Å
晶胞边长 c length_c	73.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.502 Å
最低分辨率 resolution_low	30.949 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.2014

fit	/app/data/saxs_computation/p0/9p0d/9p0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/9p0d/9p0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/9p0d/9p0d.dat