SAXSdb — 9p0d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemolysin

Bordetella pertussis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1529–1680	未记录	SR STRONTIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 FOR FORMYL GROUP × 2 GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；Buffer: 100 mM amino acids, 100 mM imidazole, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), pH 6.5. Precipitant: 37.5% v/v of 25% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 25% w/v PEG 1000, 25% w/v PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9P0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CXL CRYSTAL STRUCTURE OF RTX DOMAIN BLOCK V OF ADENYLATE CYCLASE TOXIN FROM BORDETELLA PERTUSSIS 提交 2015-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1529–1681（153 aa）片段：BLOCK V OF RTX DOMAIN (UNP RESISDUES 1529-1681)	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；BUFFER COMPOSITION: 5 mM TRIS-HCL PH=7.4, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2. PRECIPITANT COMPOSITION: 0.2 M MAGNESIUM NITRATE, 20% V/V PEG 3350,	分辨率 1.45 Å R-free 0.207
5CXL CRYSTAL STRUCTURE OF RTX DOMAIN BLOCK V OF ADENYLATE CYCLASE TOXIN FROM BORDETELLA PERTUSSIS 提交 2015-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1529–1681（153 aa）片段：BLOCK V OF RTX DOMAIN (UNP RESISDUES 1529-1681)	未记录	CA CALCIUM ION × 8 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；BUFFER COMPOSITION: 5 mM TRIS-HCL PH=7.4, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2. PRECIPITANT COMPOSITION: 0.2 M MAGNESIUM NITRATE, 20% V/V PEG 3350,	分辨率 1.45 Å R-free 0.207
6SUS Crystal structure of RTX domain blocks IV and V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis 提交 2019-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1371–1690（320 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 15 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M NH4NO3 20% w/v PEG 3350	分辨率 1.76 Å R-free 0.201
9P0C Crystal structure of Ca2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis 提交 2025-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1529–1680（152 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289.15 K；Buffer: 40 mM polyamines, 100 mM glycylglycine and 2-Amino-2-methyl-1,3-propanediol (AMPD), pH 8.5. Precipitant: 31% v/v of 10% w/v PEG 20k, 50% w/v trimethylpropane (TMP), 2% w/v NDSB-195.	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
9P0C Crystal structure of Ca2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis 提交 2025-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1529–1680（152 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289.15 K；Buffer: 40 mM polyamines, 100 mM glycylglycine and 2-Amino-2-methyl-1,3-propanediol (AMPD), pH 8.5. Precipitant: 31% v/v of 10% w/v PEG 20k, 50% w/v trimethylpropane (TMP), 2% w/v NDSB-195.	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
9P6C RTX domain block V of adenylate cyclase toxin with mutations D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N 提交 2025-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1529–1680（152 aa）	突变：D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；Buffer: 0.1 M MES, 0.1 M imidazole, pH 6.5 Precipitant: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 0.02 M of each amino acid (L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, and DL-serine) Protein solution: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8	分辨率 1.99 Å R-free 0.292
9P6C RTX domain block V of adenylate cyclase toxin with mutations D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N 提交 2025-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1529–1680（152 aa）	突变：D1533N, A1542N, D1560N, S1569N, D1587N, H1598N, H1608N	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；Buffer: 0.1 M MES, 0.1 M imidazole, pH 6.5 Precipitant: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 0.02 M of each amino acid (L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, and DL-serine) Protein solution: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 8	分辨率 1.99 Å R-free 0.292

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYAA_BORPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–171； UniProt 1529–1680

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p0d
沉积日期 deposition_date	2025-06-06
最后修订 last_revision	2026-01-07
结构标题 title	Crystal structure of Sr2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis
关键词 keywords	ion binding, beta roll, cation binding, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.11 Å
零角强度 I(0) i0	6788470.00
分子量 molecular_weight	17359.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20751 Å³
包络体积 envelope_volume	23027 Å³
水化壳体积 shell_volume	13099 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.77 Å
包络 Rg envelope_rg	15.60 Å
形状 Rg shape_rg	15.09 Å
总 Rg total_rg	16.10 Å
总原子数 total_atoms	1181
残基数 n_residues	156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6788000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7821
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.109
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	485300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemolysin
分子量 formula_weight	19009.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1297

MRGSHHHHHHGSHMELGASGSARDDVLIGDAGANVLNGLAGNDVLSGGAGDDVLLGDEGSDLLSGDAGNDDLFGGQGDDTYLFGVGYGHDTIYESGGGHDTIRINAGADQLWFARQGNDLEIRILGTDDALTVHDWYRDADHRVEIIHAANQAVDQAGIEKLVEAMAQYPDEFTSLEKN

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FORMYL GROUP
分子量 formula_weight	30.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	62.540 Å
晶胞边长 b length_b	73.095 Å
晶胞边长 c length_c	73.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.502 Å
最低分辨率 resolution_low	30.949 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.2014

fit	/app/data/saxs_computation/p0/9p0d/9p0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/9p0d/9p0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/9p0d/9p0d.dat

Crystal structure of Sr2+-bound RTX domain block V of adenylate cyclase toxin from Bordetella pertussis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction