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9pc6

Antibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 190.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR

Amycolatopsis mediterranei

UniProt O54666

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 631–2180 链 B； UniProt 631–2180 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain × 2 Antibody Fragment 1B2 Light Chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH) cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PC6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11SZ Antibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 2 提交 2026-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2194–3157（964 aa）
链 B 2194–3157（964 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9PAT Antibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 1 in the Transacylation Mode 提交 2025-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 631–2179（1549 aa）
链 B 631–2179（1549 aa）
链 C 631–2179（1549 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
9PAV Antibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 1 in the Elongation Mode 提交 2025-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 631–2179（1549 aa）
链 B 631–2179（1549 aa）
链 C 631–2179（1549 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O54666_AMYMD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 32–1581； UniProt 631–2180 作者链 B； PDB构建体 32–1581； UniProt 631–2180

6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR

Amycolatopsis mediterranei

UniProt Q7BUF9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–259 链 B； UniProt 2–259 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain × 2 Antibody Fragment 1B2 Light Chain × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH) cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.96 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PC6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FLA RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic pathway - Form 1 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–259（259 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES pH 7.0, 12% PEG 8000, 50 mM CaCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.202
3FLA RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic pathway - Form 1 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–259（259 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES pH 7.0, 12% PEG 8000, 50 mM CaCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.202
3FLB RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic pathway - Form 2 提交 2008-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–259（259 aa）
突变：S94A CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；100 mM HEPES pH 7.0, 12% PEG 8000, 50 mM CaCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.239

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7BUF9_AMYMD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1592–1849； UniProt 2–259 作者链 B； PDB构建体 1592–1849； UniProt 2–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pc6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pc6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pc6
沉积日期 deposition_date2025-06-27
结构标题 titleAntibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase
关键词 keywordsPolyketide Synthase Module, Antibody (Fab), Transferase-Immune System complex; Transferase/Immune System
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier58.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.03 Å
零角强度 I(0) i02559450000.00
分子量 molecular_weight417480.0 kDa
排除体积 excluded_volume520420 ų
包络体积 envelope_volume807730 ų
水化壳体积 shell_volume117290 ų
包络直径 envelope_diameter192.3 Å
壳层 Rg shell_rg59.09 Å
包络 Rg envelope_rg56.33 Å
形状 Rg shape_rg58.03 Å
总 Rg total_rg58.08 Å
总原子数 total_atoms29408
残基数 n_residues3975
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax190.5 Å
Rg (实空间) rg_real58.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5590e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2560000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary70.6 Å
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.581
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha124700000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.888
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)