9pcs

Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyruvate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 176.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pcs
沉积日期 deposition_date	2025-06-29
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Crystal structure of Dihydrodipicolinate Synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with pyruvate
关键词 keywords	Complex, Substrate, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.68 Å
零角强度 I(0) i0	888979000.00
分子量 molecular_weight	245660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	306960 Å³
包络体积 envelope_volume	403740 Å³
水化壳体积 shell_volume	68091 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.9 Å
壳层 Rg shell_rg	51.58 Å
包络 Rg envelope_rg	49.76 Å
形状 Rg shape_rg	50.68 Å
总 Rg total_rg	50.70 Å
总原子数 total_atoms	17224
残基数 n_residues	2360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.9 Å
Rg (实空间) rg_real	50.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	888400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5182
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.612
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.641; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.003; Positv: 1.000; Valcen: 0.800; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
分子量 formula_weight	30888.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.3.3.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	20242

MTTVGFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQGCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKACAAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRALASHPNIVGVKDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLAMGATGFISVIAHLAAGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLCNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRLPQVAATPEQIDALAADMRAASVLR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRUVIC ACID
分子量 formula_weight	88.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2747

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	95.470 Å
晶胞边长 b length_b	87.016 Å
晶胞边长 c length_c	141.059 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.860 Å
R 因子 r_factor	0.1511
R_work r_work	0.1510
R_free r_free	0.1685

fit	/app/data/saxs_computation/pc/9pcs/9pcs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pc/9pcs/9pcs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pc/9pcs/9pcs.dat