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9pd2

Crystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

Homo sapiens

UniProt Q9UKJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 32–150 未记录 Anti-PILRA Fab Heavy Chain × 1 Anti-PILRA Fab Light Chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl 分辨率 2.58 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PD2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4NFB Structure of paired immunoglobulin-like type 2 receptor (PILR ) 提交 2013-10-31 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) polyethylene glycol 4,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.225
5XO2 Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II 提交 2017-05-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
5XO2 Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II 提交 2017-05-25 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 32–150（119 aa） 片段：UNP residues 32-150
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000
分辨率 1.96 Å R-free 0.269

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PILRA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 33–151； UniProt 32–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pd2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pd2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pd2
沉积日期 deposition_date2025-06-30
最后修订 last_revision2025-12-17
结构标题 titleCrystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody
关键词 keywordsreceptor, complex, fab, antibody, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.31 Å
零角强度 I(0) i060485200.00
分子量 molecular_weight61092.0 kDa
排除体积 excluded_volume76396 ų
包络体积 envelope_volume97617 ų
水化壳体积 shell_volume29639 ų
包络直径 envelope_diameter104.6 Å
壳层 Rg shell_rg34.51 Å
包络 Rg envelope_rg29.10 Å
形状 Rg shape_rg29.28 Å
总 Rg total_rg29.90 Å
总原子数 total_atoms4313
残基数 n_residues549
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.8 Å
Rg (实空间) rg_real29.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60480000.0000
解质量估计 total_estimate0.8633
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.4 Å
偏度 Skewness skewness0.506
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9084000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.921
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)