9pd2

Crystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pd2
沉积日期 deposition_date	2025-06-30
最后修订 last_revision	2025-12-17
结构标题 title	Crystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody
关键词 keywords	receptor, complex, fab, antibody, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.31 Å
零角强度 I(0) i0	60485200.00
分子量 molecular_weight	61092.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76396 Å³
包络体积 envelope_volume	97617 Å³
水化壳体积 shell_volume	29639 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.51 Å
包络 Rg envelope_rg	29.10 Å
形状 Rg shape_rg	29.28 Å
总 Rg total_rg	29.90 Å
总原子数 total_atoms	4313
残基数 n_residues	549
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8633
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9084000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.921

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
分子量 formula_weight	17769.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4370

MHHHHHHHHGLNDIFEAQKIEWHELEVLFQGPLYGVTQPKHLSASMGGSVEIPFSFYYPWELATAPDVRISWRRGHFHGQSFYSTRPPSIHKDYVNRLFLNWTEGQKSGFLRISNLQKQDQSVYFCRVELDTRSSGRQQWQSIEGTKLSIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Anti-PILRA Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	23977.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTEYYMYWVRQAPGQGLELIGRIDPEDGGTDYIEKFKNRVTLTADTSTSTAYLELSSLRSEDTAVYYCATTIRGTVFAFWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Anti-PILRA Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23558.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASEDIFNGLAWYQQKPGKSPKLLIYNAKTLHTGVPSRFSGSGSGSDYTLTISSLQPEDFATYFCQQYYDYPLTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.854 Å
晶胞边长 b length_b	46.753 Å
晶胞边长 c length_c	335.052 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.579 Å
最低分辨率 resolution_low	46.347 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2261
R_free r_free	0.2774

fit	/app/data/saxs_computation/pd/9pd2/9pd2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pd/9pd2/9pd2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pd/9pd2/9pd2.dat

Crystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)