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9ppv

In situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1

Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY Dmax: 73.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow proteoglycan

Homo sapiens

UniProt P13727

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 106–222 未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å R-free 0.313
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 106–222 未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PPV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–222（117 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00
分辨率 1.80 Å R-free 0.264
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 106–222（117 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00
分辨率 1.80 Å R-free 0.264
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–222（117 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.291
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 106–222（117 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.291
4QXX Structure of the amyloid forming peptide GNLVS (residues 26-30) from the eosinophil major basic protein (EMBP) 提交 2014-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 Z 131–135（5 aa） 片段：GNLVS peptide (UNP residues 131-135)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.45 Å R-free 0.192
7Y5N Structure of 1:1 PAPP-A.ProMBP complex(half map) 提交 2022-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–222（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8HGG Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex 提交 2022-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–222（222 aa）
链 B 1–222（222 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
9DKZ In situ microED structure of the Eosinophil major basic protein-1 提交 2024-09-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 107–222（116 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7；secretory granule matrix
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time of 6~8 sec, single-side back blotting
分辨率 3.20 Å R-free 0.311
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 107–222（116 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 107–222（116 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 106–222（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å R-free 0.340
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 106–222（117 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å R-free 0.340

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRG2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 106–222 作者链 B； PDB构建体 1–117； UniProt 106–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ppv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ppv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ppv
沉积日期 deposition_date2025-07-22
最后修订 last_revision2025-09-03
结构标题 titleIn situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1
关键词 keywordsEffector, Nanocrystal, In-situ, Intracellular, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.34 Å
零角强度 I(0) i014790600.00
分子量 molecular_weight27449.0 kDa
排除体积 excluded_volume33728 ų
包络体积 envelope_volume39625 ų
水化壳体积 shell_volume17153 ų
包络直径 envelope_diameter74.2 Å
壳层 Rg shell_rg25.59 Å
包络 Rg envelope_rg20.72 Å
形状 Rg shape_rg20.30 Å
总 Rg total_rg21.17 Å
总原子数 total_atoms3780
残基数 n_residues232
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.4 Å
Rg (实空间) rg_real21.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14790000.0000
解质量估计 total_estimate0.6875
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.491
峰度 Kurtosis kurtosis-0.306
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5631000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.671; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.976
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)