9puy

SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) in complex with Fragment 27

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9puy
沉积日期 deposition_date	2025-07-31
结构标题 title	SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) in complex with Fragment 27
关键词 keywords	Viral protease, Inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.80 Å
零角强度 I(0) i0	593657000.00
分子量 molecular_weight	133330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129570 Å³
包络体积 envelope_volume	229440 Å³
水化壳体积 shell_volume	53089 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.53 Å
包络 Rg envelope_rg	35.61 Å
形状 Rg shape_rg	35.76 Å
总 Rg total_rg	36.18 Å
总原子数 total_atoms	10037
残基数 n_residues	1275
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	593700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8917
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.301
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.454
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.889

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Papain-like protease nsp3
分子量 formula_weight	37096.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-
突变 mutation	C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11722

MREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNSYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQSGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	7,8-dimethyl-1'-[(pyridin-2-yl)methyl]spiro[[1]benzopyran-2,4'-piperidin]-4(3H)-one
分子量 formula_weight	336.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1676

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.269 Å
晶胞边长 b length_b	118.978 Å
晶胞边长 c length_c	124.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	29.740 Å
R 因子 r_factor	0.1723
R_work r_work	0.1706
R_free r_free	0.2046

fit	/app/data/saxs_computation/pu/9puy/9puy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pu/9puy/9puy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pu/9puy/9puy.dat