9pv6

SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) in complex with Fragment 37

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pv6
沉积日期 deposition_date	2025-08-01
结构标题 title	SARS-CoV-2 Papain-like Protease (PLpro) in complex with Fragment 37
关键词 keywords	Viral protease, Inhibitor complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.85 Å
零角强度 I(0) i0	37781800.00
分子量 molecular_weight	32107.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31197 Å³
包络体积 envelope_volume	51354 Å³
水化壳体积 shell_volume	20293 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.04 Å
包络 Rg envelope_rg	23.40 Å
形状 Rg shape_rg	22.74 Å
总 Rg total_rg	23.53 Å
总原子数 total_atoms	2420
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7796
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.610
峰度 Kurtosis kurtosis	0.052
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5938000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.530; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.543; Smooth: 0.997

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Papain-like protease nsp3
分子量 formula_weight	37096.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-
突变 mutation	C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2768

MREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTFYVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNSYLATALLTLQQIELKFNPPALQDAYYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQFKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQSGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSEYKGPITDVFYKENSYTTTIKPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(7M)-8-methyl-7-(2-methylpyridin-4-yl)-1'-[(pyridin-2-yl)methyl]spiro[[1]benzopyran-2,4'-piperidin]-4(3H)-one
分子量 formula_weight	413.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	78.405 Å
晶胞边长 b length_b	78.405 Å
晶胞边长 c length_c	231.561 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	50.980 Å
R 因子 r_factor	0.1658
R_work r_work	0.1640
R_free r_free	0.2022

fit	/app/data/saxs_computation/pv/9pv6/9pv6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pv/9pv6/9pv6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pv/9pv6/9pv6.dat