SAXSdb — 9pxf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia monooxygenase subunit C

Nitrosospira briensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Ammonia monooxygenase subunit A × 3 （A0A1I5FI55） Ammonia monooxygenase subunit B × 3 （A0A1I5FIF1） COPPER (II) ION × 9 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1G4ZCX6_9PROT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–251； UniProt 19–269 作者链 H； PDB构建体 1–251； UniProt 19–269 作者链 I； PDB构建体 1–251； UniProt 19–269

Ammonia monooxygenase subunit A

Nitrosospira briensis

UniProt A0A1I5FI55

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Ammonia monooxygenase subunit C × 3 （A0A1G4ZCX6） Ammonia monooxygenase subunit B × 3 （A0A1I5FIF1） COPPER (II) ION × 9 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1I5FI55_9PROT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–273； UniProt 2–274 作者链 E； PDB构建体 1–273； UniProt 2–274 作者链 F； PDB构建体 1–273； UniProt 2–274

Ammonia monooxygenase subunit B

Nitrosospira briensis

UniProt A0A1I5FIF1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Ammonia monooxygenase subunit C × 3 （A0A1G4ZCX6） Ammonia monooxygenase subunit A × 3 （A0A1I5FI55） COPPER (II) ION × 9 (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1I5FIF1_9PROT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–381； UniProt 34–414 作者链 B； PDB构建体 1–381； UniProt 34–414 作者链 C； PDB构建体 1–381； UniProt 34–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pxf
沉积日期 deposition_date	2025-08-05
结构标题 title	Ammonia monooxygenase in native membranes from N. briensis
关键词 keywords	ammonia oxidation, copper enzyme, membrane protein, active site, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9pxf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9pxf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9pxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.62 Å
Rg（电子密度）	42.56 Å
总 Rg	43.10 Å
原子数	22338
残基数	2715
排除体积	399440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9pxf__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit C
分子量 formula_weight	29534.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I
原子数 atom_count	23186

DMSEWYDSRWYKFGLITMLLVAIFWVWYQRTYAYSHGMDSMEPEFEKVWMGLWRVHMIVMPIFALITWGWIWKTRDTNLDNLDPKLEVKRYFYWMMWLGVYLFGVYWGGSFFTEQDASWHQVIIRDTSFTPSHVVVFYGSFPMYIVCGVASYLYAMTRLPLYSRGTSFPLVMAIAGPLMILPNVGLNEWGHAFWFMEELFSAPLHWGFVILGWSGLFAGGIAAQIITRYSNLTDVVWNGQSKVILNNRIVP

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosospira briensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35799
宿主生物 host_organism	Nitrosospira briensis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit A
分子量 formula_weight	31288.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

SRTDEILKAAKMPPEAVKMSRMIDAVYFPILCILLVGTYHMHFMLLAGDWDFWLDWKDRQWWPVVTPIVGITYCAAIMYYLWVNYRLPFGATLCIVCLLTGEWLTRFWGFYWWSHYPISFVFPSTMIPGALVMDTVMLLTRNWMITALVGGGAFGLLFYPGNWTIFGPTHLPLVAEGVLLSVADYTGFLYVRTGTPEYVRLIEQGSLRTFGGHTTVIASFFAAFVSMLMFCVWWYFGKLYCTAFFYVKGARGRVTMKNDVTAFGEEGFPEGIK

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosospira briensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35799
宿主生物 host_organism	Nitrosospira briensis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit B
分子量 formula_weight	42675.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

HGERSQEPFLRMRTIQWYDMKWGPETTKVNDFASMTGKFHLAEDWPRAVGKPGRAFFNVGSPSPVFVRLSTKLNGEPTMISGPLEIGRDYAFEVKLKARIPGRHHMHAMVNIKDAGPIAGPAAWMNITGSWDDFTNPIKLLTGETIDTETFNFSNGIFWHALWMALGIFWIGYYVARPMFLPRSRVLLAYGDELLIDPMDKKVAWVVLILTLGIVWGGYRYTENKHPYTVPIQAGESKVAPLPVKPNPIAIKVTHANYDVPGRALRVTMMVTNSGDSAYRIGEFTTAGVRFINKVGLKHMDRGYPKELVATGLSFDNDTPIQPGETREVKMEAKDALWEVQRLMALLGDPESRFGGLLMTWNDAGDRNINSIAGAVIPVFT

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosospira briensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	35799
宿主生物 host_organism	Nitrosospira briensis

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	763.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	848

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	212075

Ammonia monooxygenase in native membranes from N. briensis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia monooxygenase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ammonia monooxygenase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ammonia monooxygenase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9pxf__assembly_1__model_1

9pxf__assembly_1__model_1 | I(q)

9pxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Ammonia monooxygenase in native membranes from N. briensis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia monooxygenase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ammonia monooxygenase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ammonia monooxygenase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9pxf__assembly_1__model_1

9pxf__assembly_1__model_1 | I(q)

9pxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)