SAXSdb — 9pxi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamD

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （Q9I4W2） Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 （Q9HXJ7） Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （Q9HXY4） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （O68562） Pyocin L1 × 1 （T2LG16）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAMD_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

Outer membrane protein assembly factor BamC

物种未注明

UniProt Q9I4W2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P33641） Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 （Q9HXJ7） Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （Q9HXY4） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （O68562） Pyocin L1 × 1 （T2LG16）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q9I4W2_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–396； UniProt 1–396

Outer membrane protein assembly factor BamB

物种未注明

UniProt Q9HXJ7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P33641） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （Q9I4W2） Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （Q9HXY4） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （O68562） Pyocin L1 × 1 （T2LG16）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BAMB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

Outer membrane protein assembly factor BamA

物种未注明

UniProt Q9HXY4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P33641） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （Q9I4W2） Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 （Q9HXJ7） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （O68562） Pyocin L1 × 1 （T2LG16）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q9HXY4_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–834； UniProt 1–797

Outer membrane protein assembly factor BamE

物种未注明

UniProt O68562

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P33641） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （Q9I4W2） Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 （Q9HXJ7） Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （Q9HXY4） Pyocin L1 × 1 （T2LG16）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAME_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

Pyocin L1

Pseudomonas aeruginosa

UniProt T2LG16

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P33641） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （Q9I4W2） Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 （Q9HXJ7） Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （Q9HXY4） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （O68562）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	T2LG16_PSEAI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 21–276； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pxi
沉积日期 deposition_date	2025-08-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of BAM from P. aeruginosa PAO1 in complex with Pyocin L1
关键词 keywords	;protein complex, outer membrane, beta-barrel, protein folding, Gram-negative bacterial protein, L-type bacteriocin, pyocin, MEMBRANE PROTEIN ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9pxi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9pxi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9pxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.09 Å
Rg（电子密度）	51.27 Å
总 Rg	51.28 Å
原子数	12801
残基数	1640
排除体积	226520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9pxi__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamD
分子量 formula_weight	38660.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	12801

MQVKHLLLIAILALTAACSSNKETVDENLSESQLYQQAQDDLNNKSYNSAVTKLKALESRYPFGRYAEQAQLELIYANYKNMEPEAARAAAERFIRLHPQHPNVDYAYYLKGLSSFDQDRGLLARFLPLDMTKRDPGAARDSFNEFAQLTSRFPNSRYAPDAKARMVYLRNLLAAYEVHVGHYYLKRQAYVAAANRGRYVVENFQETPAVGDGLAIMVEAYRRLGLDDLASTSLETLKLNYPDNASLKDGEFVARESEADTRSWLAKATLGLIEGGEPPPHMETQAAKDVIKQYEDAEREIPAELKPENQDHSADDEKPESDDDEDSGRSWWSYMTFGLFD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamC
分子量 formula_weight	43100.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKRLAGLTALALVIGNTSGCGWLWGPEGYFRDRGDDYLGARETPPMQLPEGVHSKPLDPLLPIPLNVATTHEKEGEYEVPRPQPLANAGDISDYSLQRSGDSRWVVAQRPPAEVWPVARQFFEENGFRIADERPQTGEFSSDWQSLSQLSAPLARRLSSRVSGVEPDGQARVRVRIEPGVQSNTSEVYVLSQTRAAGDTSSPSWPSKSVAPSLDAALLDEMVASMARSAEQGGSVSLLAANSIYDTPGTFELSKDGSGNPVLTLQSDFDRSWVSVGRALDNADIRVDDLNRSLGVYYVNIAEGAKKPDEDKPGFFSRLFGGGEKTKEEEDAKAQRYQVRLTTVSDAVQVTVDKDINTSAPADVAQNVLEKLQESMRNAVRGSGQRKPGQFGLGEQF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamB
分子量 formula_weight	40436.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVQWKHAALLALALAVVGCSSNSKKELPPAELTDFKEEVVLSKQWSRSVGDGQGDLYNLLEPAVDGSTIYAASAEGRVMAIQRETGDVLWKKDLERPVSGGVGVGYGLVLVGTLRGDVIALDEATGKKKWTKRVNSEVLSAPATNGDVVVVQTQDDKLIGLDAASGDQRWIYESTVPVLTLRGTGAPLIAGNMALAGLASGKVVAVDVQRGLPIWEQRVAIPQGRSELDRVVDIDGGLLLSGDTLYVVSYQGRAAALDVNSGRLLWQREASSYVGVAEGFGNIYVSQASGSVEGLDSRGASSLWNNDALARRQLSAPAVFSSNVVVGDLEGYVHLLSQVDGRFVGRERVDSDGVRVRPLVVGSWMYVFGNGGKLVAYTIR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	92258.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKRFLLPALLSALMIAEVHAESAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKENLYFQGSFTVSDIRVNGLQRVSAGSVFAALPLNVGETIDDQALVQATRSLFKTGFFQDIQLGRDGNVLVVTVVERPSISSIEIEGNKAISKEDLLKGLKQSGLAEGEIFQRATLEGVRNELQRQYVAQGRYSAEINAEVIPQPRNRVALKININEGTVAAISHINVVGNTVFSEEDLTDLFELKTTNWLSFFKNDDKYAREKLSGDLERLRSYYLDRGYINMDIASTQVSITPDKKHVYITVNINEGEKYTIRDVKLTGDLKVPEEEVKRLLLVQKGQVFSRKVMTTTSDLITRRLGNEGYTFANVNGVPEAHDDDKTVSVTFVVDPGKRAYVNRINFRGNTKTEDEVLRREMRQMEGGWASTYLIDQSKARLERLGYFKEVNVETPAVPGTDDQVDVNYSVEEQPSGSITASVGFAQSAGLILGGSISQNNFLGTGNKVSIGLTRSEYQTRYNFGFVDPYWTVDGVSLGYNAFYRKTDYDELDVDVASYSVNSLGAGMSIGYPISETSRLTYGLSVQRDQIDTGRYTVDEIYDFLDKEGDNFTNFKASIGWSESTLNKGVLATRGHSQSLTLETTLPGSDLSFYKIDYRGQVFAPLTDNYTMRFHTELGYGDGYGSTERLPFYENYYAGGFNSVRGFKDSTLGPRSTPSVARNPDGTPMKNQGPDSKGRYTDPDQDPEAFGGNILITGGAELLFPLPFVKDQRQLRTVLFWDVGSTFDTDCPTKTTTNCDGIKTDNLASSVGVGLTWITALGPLSFSLATPIKKPDNAETQVFQFSLGQTF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamE
分子量 formula_weight	19411.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQNAKLMLTCLAFAGLAALAGCSFPGVYKIDIQQGNVVTQDMIDQLRPGMTRRQVRFIMGNPLIVDTFHANRWDYLYSIQPGGGRRQQERVSLFFNDSDQLAGLNGDFMPGVSRDEAILGKEGSTTVTQPADQQKPEAQKEEPPKPGSTLEQLQREVDEAQPVPVPTPEPLDPSPQ

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Pyocin L1
分子量 formula_weight	30609.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASSLAPRQVIRDGQFITSPNGKYKLVMQADGNLVLYEDGTKPIWNTTPVGPGAKAVMEFNLNLYNKAGQVAWSSNVYTAYLFEEFKDEAYLNLQDDGDFGIFSDEAKWGSIVLSRPEVGVKNKIIPTGTVMVPGTEYINGNYRLAFQGDGNLVIYQINPQVVIWATYTMGADRAVVQEDGNFVIYKGTTALWHTHTATGMPAYLKFTNTGKLFLSQPTLLWTLKRGSLSKPPKVIPGQHGPLDTTPIWSWPHDYP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.85 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	110600

Cryo-EM structure of BAM from P. aeruginosa PAO1 in complex with Pyocin L1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pyocin L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9pxi__assembly_1__model_1

9pxi__assembly_1__model_1 | I(q)

9pxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)