9q03

Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined)

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B-cell lymphoma 6 protein

Homo sapiens

UniProt P41182

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Protein cereblon × 1 (Q96SW2) ZINC ION × 1 ;(3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BCL6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–143; UniProt 5–129 作者链 B; PDB构建体 19–143; UniProt 5–129

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 B-cell lymphoma 6 protein × 2 (P41182) ZINC ION × 1 ;(3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRBN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 26–467; UniProt 1–442

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9q03
沉积日期 deposition_date2025-08-12
结构标题 titleCryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined)
关键词 keywordsCereblon, BCL6, LDD, degrader, E3, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9q03__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9q03__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9q03__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)28.84 Å
Rg(电子密度)28.25 Å
总 Rg29.02 Å
原子数9452
残基数578
排除体积84233 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9q03__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 引用文献 (1)