SAXSdb — 9q79

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6

Trypanosoma cruzi Dm28c

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 × 1 （A0A2V2VHI6） ;2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 × 1 （A0A2V2VHI6） ;2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 × 1 （A0A2V2VHI6） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5 × 1 （A0A2V2VHI6） CITRATE ANION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2V2VTW2_TRYCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186 作者链 C； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186 作者链 E； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186 作者链 G； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5

Trypanosoma cruzi

UniProt A0A2V2VHI6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6 × 1 （A0A2V2VTW2） ;2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6 × 1 （A0A2V2VTW2） ;2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6 × 1 （A0A2V2VTW2） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6 × 1 （A0A2V2VTW2） CITRATE ANION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2V2VHI6_TRYCR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–43； UniProt 71–112 作者链 D； PDB构建体 2–43； UniProt 71–112 作者链 F； PDB构建体 2–43； UniProt 71–112 作者链 H； PDB构建体 2–43； UniProt 71–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q79
沉积日期 deposition_date	2025-08-22
最后修订 last_revision	2026-01-21
结构标题 title	Crystal structure of T. cruzi EIF4E6 in complex with EIF4G5 peptide and cap-4
关键词 keywords	TRANSLATION INITIATION FACTOR, EIF4E FAMILY, EIF4E6, EIF4G5, CAP-4, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9q79__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9q79__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9q79__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.32 Å
Rg（电子密度）	16.84 Å
总 Rg	17.92 Å
原子数	1805
残基数	206
排除体积	31808 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9q79__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9q79__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9q79__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9q79__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6
分子量 formula_weight	21401.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,E
原子数 atom_count	7136

MSAQTSSQPHPLKDRWFVTYFPFVRQKKKGKDFDEQQKPKELDWVTTAEELYATINSFPSLVLLPSDDNLVFARNKVEPYFENFPEGDRVCVFTRTKAQSEQAVVLVLAAVMGEHLRSVTNSECVADVVRIAHKPGNVYPESLRVEVWLHKSDFCEKVVQYFVELFKTYPGIRVARRPISSEVTAD

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi Dm28c
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1416333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5
分子量 formula_weight	5706.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,H,F

MEPPAASHPANCIYDIAEFVKCQHTKESPPKGILDFVTELWKEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium ;
分子量 formula_weight	1826.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	148

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晶胞边长 a length_a	81.211 Å
晶胞边长 b length_b	93.236 Å
晶胞边长 c length_c	119.649 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.620 Å
R 因子 r_factor	0.2376
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.3044

Crystal structure of T. cruzi EIF4E6 in complex with EIF4G5 peptide and cap-4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q79__assembly_1__model_1

9q79__assembly_1__model_1 | I(q)

9q79__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of T. cruzi EIF4E6 in complex with EIF4G5 peptide and cap-4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q79__assembly_1__model_1

9q79__assembly_1__model_1 | I(q)

9q79__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)