9q8n

Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPS-assembly protein LptD

Shigella flexneri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	LPS-assembly lipoprotein LptE × 1 （Q83LX4） Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPTD_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–760； UniProt 25–784

LPS-assembly lipoprotein LptE

Shigella flexneri

UniProt Q83LX4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	LPS-assembly protein LptD × 1 （Q83SQ0） Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1 1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPTE_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–151； UniProt 19–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q8n
沉积日期 deposition_date	2025-02-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)
关键词 keywords	Lipid transport, Outer membrane protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9q8n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9q8n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9q8n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.42 Å
Rg（电子密度）	27.48 Å
总 Rg	28.32 Å
原子数	6048
残基数	729
排除体积	106350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9q8n__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LPS-assembly protein LptD
分子量 formula_weight	87135.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6062

ADLASQCMLGVPSYDRPLVQGDTNDLPVTINADHAKGDYPDDAVFTGSVDIMQGNSRLQADEVQLHQKEAPGQPEPVRTVDALGNVHYDDNQVILKGPKGWANLNTKDTNVWEGDYQMVGRQGRGKADLMKQRGENRYTILDNGSFTSCLPGSDTWSVVGSEIIHDREEQVAEIWNARFKVGPVPIFYSPYLQLPVGDKRRSGFLIPNAKYTTTNYFEFYLPYYWNIAPNMDATITPHYMHRRGNIMWENEFRYLSQAGAGLMELDYLPSDKVYEDEHPNDDSSRRWLFYWNHSGVMDQVWRFNVDYTKVSDPSYFNDFDNKYGSSTDGYATQKFSVGYAVQNFNATVSTKQFQVFSEQNTSSYSAEPQLDVNYYQNDVGPFDTRIYGQAVHFVNTRDDMPEATRVHLEPTINLPLSNNWGSINTEAKFLATHYQQTNLDWYNSRNTTKLDESVNRVMPQFKVDGKMVFERDMEMLAPGYTQTLEPRAQYLYVPYRDQSDIYNYDSSLLQSDYSGLFRDRTYGGLDRIASANQVTTGVTSRIYDDAAVERFNISVGQIYYFTESRTGDDNITWENDDKTGSLVWAGDTYWRISERWGLRGGIQYDTRLDNVATSNSSIEYRRDEDRLVQLNYHYASPEYIQATLPKYYSTAEQYKNGISQVGAVASRPIADRWSIVGAYYYDTNANKQADSMLGVQYSSCCYAIRVGYERKLNGWDNDKQHAVYDNAIGFNIELRGLSSNYGLGTQEMLRSNILPYQNTL

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptE
分子量 formula_weight	17002.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

CGWHLRDTTQVPSTMKVMILDSGDPNGPLSRAVRNQLRLNGVELLDKETTRKDVPSLRLGKVSIAKDTASVFRNGQTAEYQMIMTVNATVLIPGRDIYPISAKVFRSFFDNPQMALAKDNEQDMIVKEMYDRAAEQLIRKLPSIRAADIRS

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Compound 16 - Bicyclic Peptide Binder
分子量 formula_weight	1847.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ACEWCIFWYDPKLCAX

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,3,5-tris(2-chloroethylsulfonyl)-1,3,5-triazinane
分子量 formula_weight	466.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.54 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	168619

Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPS-assembly protein LptD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LPS-assembly lipoprotein LptE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q8n__assembly_1__model_1

9q8n__assembly_1__model_1 | I(q)

9q8n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of Shigella flexneri LptDE bound by a Bicyclic peptide molecule (Compound 16)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LPS-assembly protein LptD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LPS-assembly lipoprotein LptE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q8n__assembly_1__model_1

9q8n__assembly_1__model_1 | I(q)

9q8n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)