9rpt

Cryo-EM structure of the open state of Shigella flexneri LptDE bound by the RBP of Oekolampad phage

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 109.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rpt
沉积日期 deposition_date	2025-06-25
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of the open state of Shigella flexneri LptDE bound by the RBP of Oekolampad phage
关键词 keywords	lipopolysaccharide transport, receptor-binding protein, outer membrane complex, beta-barrel, bacteriophage, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.16 Å
零角强度 I(0) i0	198167000.00
分子量 molecular_weight	110030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136480 Å³
包络体积 envelope_volume	182540 Å³
水化壳体积 shell_volume	46606 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.59 Å
包络 Rg envelope_rg	32.77 Å
形状 Rg shape_rg	33.10 Å
总 Rg total_rg	33.83 Å
总原子数 total_atoms	7761
残基数 n_residues	969
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8654
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.416
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.063
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	LPS-assembly protein LptD
分子量 formula_weight	89740.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7761

MEKRIPTLLATMIATALYSQQGLAADLASQCMLGVPSYDRPLVQGDTNDLPVTINADHAKGDYPDDAVFTGSVDIMQGNSRLQADEVQLHQKEAPGQPEPVRTVDALGNVHYDDNQVILKGPKGWANLNTKDTNVWEGDYQMVGRQGRGKADLMKQRGENRYTILDNGSFTSCLPGSDTWSVVGSEIIHDREEQVAEIWNARFKVGPVPIFYSPYLQLPVGDKRRSGFLIPNAKYTTTNYFEFYLPYYWNIAPNMDATITPHYMHRRGNIMWENEFRYLSQAGAGLMELDYLPSDKVYEDEHPNDDSSRRWLFYWNHSGVMDQVWRFNVDYTKVSDPSYFNDFDNKYGSSTDGYATQKFSVGYAVQNFNATVSTKQFQVFSEQNTSSYSAEPQLDVNYYQNDVGPFDTRIYGQAVHFVNTRDDMPEATRVHLEPTINLPLSNNWGSINTEAKFLATHYQQTNLDWYNSRNTTKLDESVNRVMPQFKVDGKMVFERDMEMLAPGYTQTLEPRAQYLYVPYRDQSDIYNYDSSLLQSDYSGLFRDRTYGGLDRIASANQVTTGVTSRIYDDAAVERFNISVGQIYYFTESRTGDDNITWENDDKTGSLVWAGDTYWRISERWGLRGGIQYDTRLDNVATSNSSIEYRRDEDRLVQLNYHYASPEYIQATLPKYYSTAEQYKNGISQVGAVASRPIADRWSIVGAYYYDTNANKQADSMLGVQYSSCCYAIRVGYERKLNGWDNDKQHAVYDNAIGFNIELRGLSSNYGLGTQEMLRSNILPYQNTL

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	LPS-assembly lipoprotein LptE
分子量 formula_weight	22206.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRYLATLLLSLAVLITAGCGWHLRDTTQVPSTMKVMILDSGDPNGPLSRAVRNQLRLNGVELLDKETTRKDVPSLRLGKVSIAKDTASVFRNGQTAEYQMIMTVNATVLIPGRDIYPISAKVFRSFFDNPQMALAKDNEQDMIVKEMYDRAAEQLIRKLPSIRAADIRSDEEQTSTTTDTPATPARVSTMLGNENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Tail fiber protein
分子量 formula_weight	35347.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGAGILIDYNDGRPRMEITAGLRAPSYCTSFNQRAQSNKTLTINTPLTAGSQVVVALTRPVEVIEVFDQTLVIPDPFYVTSVTRNGNSGITLRGDDAYGAYSGLPQWAGVIMEVLPVGSRNAGLLVANSTDFTAISNVAKLMTCRYAKRVRVNGSMALPVSGVPFARWDDGNVSVGFDGGSIIVRNASYGGIDDVAASVDMDLVIFNNTPPTPGTGITMTNNQNQVTFSTVNKPFVYDRTINIGTSDQNIGNSLIQLSYTGALIQNNGGYNHVRMNGIRMAGNNVRVAKNRVIGNYSRQQFQMPGKNIAVPTPLLVIPNMYHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Oekolampad
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2851982
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.81 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	134671

fit	/app/data/saxs_computation/rp/9rpt/9rpt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/9rpt/9rpt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/9rpt/9rpt.dat

Cryo-EM structure of the open state of Shigella flexneri LptDE bound by the RBP of Oekolampad phage

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)