9qad

Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a tricyclic pyrimidoindolone inhibitor (compound 17)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.2 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable global transcription activator SNF2L2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1373–1493	未记录	A1I45 5-oxidanyl-2-(phenylmethyl)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]indol-4-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1373–1493	未记录	A1I45 5-oxidanyl-2-(phenylmethyl)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]indol-4-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7	分辨率 2.08 Å R-free 0.245
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1373–1493	未记录	A1I45 5-oxidanyl-2-(phenylmethyl)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]indol-4-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7	分辨率 2.08 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QAD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DAT Solution structure of the Bromodomain of human SWI/SNF related matrix associated actin dependent regulator of cromatin subfamily A member 2 提交 2005-12-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1482（110 aa）片段：Bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）195mM；压力 ambient NMR样品组成 1.39mM Bromodomain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 75mM Guanidine oxalate; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5DKC Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with PFI-3 chemical probe 提交 2015-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）片段：UNP residues 1373-1493	未记录	ZN ZINC ION × 1 5BW (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-[(1R,4R)-5-(pyridin-2-yl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]hept-2-yl]prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；19% PEG 6K, 4% ethyleneglycol, 0.01M ZnCl2	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
5DKH Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with a hydroxyphenyl propenone inhibitor 17 提交 2015-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）片段：UNP residues 1373-1493	未记录	ZN ZINC ION × 2 5C0 (2E)-3-[(6S,9R)-4-(cyclopropylamino)-6,7,8,9-tetrahydro-5H-6,9-epiminocyclohepta[d]pyrimidin-10-yl]-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；20% PEG 6K, 10% ethyleneglycol, 0.1 Hepes pH 7, 0.01M ZnCl2	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
5DKH Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with a hydroxyphenyl propenone inhibitor 17 提交 2015-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）片段：UNP residues 1373-1493	未记录	ZN ZINC ION × 2 5C0 (2E)-3-[(6S,9R)-4-(cyclopropylamino)-6,7,8,9-tetrahydro-5H-6,9-epiminocyclohepta[d]pyrimidin-10-yl]-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；20% PEG 6K, 10% ethyleneglycol, 0.1 Hepes pH 7, 0.01M ZnCl2	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
5DKH Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with a hydroxyphenyl propenone inhibitor 17 提交 2015-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）片段：UNP residues 1373-1493	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；20% PEG 6K, 10% ethyleneglycol, 0.1 Hepes pH 7, 0.01M ZnCl2	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6EG2 Crystal structure of human BRM in complex with compound 16 提交 2018-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 705–955（251 aa）	未记录	J7J N-(5-amino-2-chloropyridin-4-yl)-N'-(4-bromo-3-{[3-(hydroxymethyl)phenyl]ethynyl}-1,2-thiazol-5-yl)urea × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；100mM Hepes pH7.5, 200mM sodium chloride, 8% isopropanol	分辨率 2.98 Å R-free 0.304
6EG3 Crystal structure of human BRM in complex with compound 15 提交 2018-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 705–955（251 aa）	未记录	J7G 3-[(4-{[(2-chloropyridin-4-yl)carbamoyl]amino}pyridin-2-yl)ethynyl]benzoic acid × 1 EOH ETHANOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；100mM Tris pH7, 14% Ethanol	分辨率 2.84 Å R-free 0.267
6HAX Crystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2018-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FWZ (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[4-[[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]methyl]phenyl]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；277 K；13% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 8.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.268
6HAX Crystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2018-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1373–1493（121 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 FWZ (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[4-[[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]methyl]phenyl]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；277 K；13% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 8.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.268
6HAY Crystal structure of PROTAC 1 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2018-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	FX8 (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[2-[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；277 K；18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.75	分辨率 2.24 Å R-free 0.223
6HAY Crystal structure of PROTAC 1 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2018-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1373–1493（121 aa）	未记录	FX8 (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[2-[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；277 K；18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.75	分辨率 2.24 Å R-free 0.223
6HAZ Crystal structure of the bromodomain of human SMARCA2 in complex with SMARCA-BD ligand 提交 2018-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1373–1493（121 aa）链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	FX5 2-(6-azanyl-5-piperazin-4-ium-1-yl-pyridazin-3-yl)phenol × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；25% (w/v) PEG 6000, 0.1 M HEPES, pH 6.1, 0.01M zinc chloride, 0.01 M cobalt (III) hexamine chloride, 8% (v/v) ethylene glycol	分辨率 1.31 Å R-free 0.193
7Z6L Crystal structure of PROTAC 5 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	IEI (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[3-[4-(4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl)piperidin-1-yl]propoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；33% (v/v) glycerol ethoxylate, 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.232
7Z76 Crystal structure of compound 10 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1373–1493（121 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 7 IFJ (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[(2~{R})-1-[4-(4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl)piperidin-1-yl]propan-2-yl]oxy-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；14.5 % PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 5.8, 100 mM sodium iodide	分辨率 1.32 Å R-free 0.202
7Z77 Crystal structure of compound 6 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1373–1493（121 aa）	未记录	IFF (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{S})-4-[4-(4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl)piperidin-1-yl]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]butyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20 % PEG 3350, 0.1 M BIS_TRIS propane pH 7.5, 200 mM sodium formate	分辨率 1.97 Å R-free 0.251
7Z78 Crystal structure of compound 4 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	IF8 4-bromanyl-7-cyclopentyl-9-piperidin-4-yl-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% ethylene glycol, 25% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 8.0 and 10 mM zinc chloride	分辨率 1.32 Å R-free 0.210
7Z78 Crystal structure of compound 4 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	IF8 4-bromanyl-7-cyclopentyl-9-piperidin-4-yl-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% ethylene glycol, 25% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 8.0 and 10 mM zinc chloride	分辨率 1.32 Å R-free 0.210
7Z78 Crystal structure of compound 4 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2022-03-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	IF8 4-bromanyl-7-cyclopentyl-9-piperidin-4-yl-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；8% ethylene glycol, 25% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 8.0 and 10 mM zinc chloride	分辨率 1.32 Å R-free 0.210
8QJT BRM (SMARCA2) Bromodomain in complex with ligand 10 提交 2023-09-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 VLC 2-[6-azanyl-5-[(1R,5S)-8-[2-(2-methoxyethoxy)pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 6K, 6% ethylene glycol, 10 mM ZnCl2	分辨率 2.57 Å R-free 0.263
8QJT BRM (SMARCA2) Bromodomain in complex with ligand 10 提交 2023-09-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 VLC 2-[6-azanyl-5-[(1R,5S)-8-[2-(2-methoxyethoxy)pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 6K, 6% ethylene glycol, 10 mM ZnCl2	分辨率 2.57 Å R-free 0.263
8QJT BRM (SMARCA2) Bromodomain in complex with ligand 10 提交 2023-09-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 VLC 2-[6-azanyl-5-[(1R,5S)-8-[2-(2-methoxyethoxy)pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；20% PEG 6K, 6% ethylene glycol, 10 mM ZnCl2	分辨率 2.57 Å R-free 0.263
9AYQ SMARCA2 in complex with a pyridine-2-one-based inhibitor 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 495–551（57 aa）链 A 701–1150（450 aa）链 A 1166–1302（137 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1AHQ 4-cyano-N-[1-(2,2-difluoroethyl)-5-fluoro-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl]-5-(trifluoromethyl)thiophene-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL of protein at a concentration of 28.5 mg/ml in a buffer 25mM Hepes, 300mM NaCl, 5% glycerol, 1mM TCEP, pH 7.5 was combined with 1ul of 0.1 M HEPES, pH 7.1, 4% w/v PEG 8000	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
9AYQ SMARCA2 in complex with a pyridine-2-one-based inhibitor 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 495–551（57 aa）链 B 701–1150（450 aa）链 B 1166–1302（137 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1AHQ 4-cyano-N-[1-(2,2-difluoroethyl)-5-fluoro-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl]-5-(trifluoromethyl)thiophene-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 uL of protein at a concentration of 28.5 mg/ml in a buffer 25mM Hepes, 300mM NaCl, 5% glycerol, 1mM TCEP, pH 7.5 was combined with 1ul of 0.1 M HEPES, pH 7.1, 4% w/v PEG 8000	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
9D11 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 22 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 1.68 Å R-free 0.204
9D11 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 22 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 1.68 Å R-free 0.204
9D11 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 22 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 1.68 Å R-free 0.204
9D12 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 15 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
9D12 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 15 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
9D12 Smarca2 Bromodomain in complex with compound 15 提交 2024-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% Peg 3350, 50mM ZnAc, 6% Sucrose	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
9DTY Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2024-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 A 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 E 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 I 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 M 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 Q 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 U 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 Y 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 c 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 g 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 k 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491	未记录	A1BB4 (4R)-4-hydroxy-1-[(2R)-2-(3-{[(2S)-1-{(3R)-3-[(2M,6aS,11S)-2-(2-hydroxyphenyl)-5,6,6a,7,9,10-hexahydro-8H-pyrazino[1',2':4,5]pyrazino[2,3-c]pyridazin-8-yl]pyrrolidin-1-yl}propan-2-yl]oxy}-1,2-oxazol-5-yl)-3-methylbutanoyl]-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 10 CIT CITRIC ACID × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.26；291 K；2% v/v Tacsimate, pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.26, 11.36% w/v PEG3350, 0.1 M barium chloride dihydrate	分辨率 3.19 Å R-free 0.285
9DU0 Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with a SMARCA-BD binder 提交 2024-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 B 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491 链 C 1373–1491（119 aa）片段：UNP residues 1373-1491	未记录	A1BB5 (2P)-2-[(6aS,11R)-6,6a,7,8,9,10-hexahydro-5H-pyrazino[1',2':4,5]pyrazino[2,3-c]pyridazin-2-yl]phenol × 2 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.025~0.1 M zinc acetate, 16~26% w/v PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.338
9E1K Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 11 提交 2024-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BF5 (12S)-4-bromo-7,7-dimethyl-9-(piperidin-4-yl)indolo[1,2-a]quinazolin-5(7H)-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.03 M Zinc Acetate 22% v/v PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.307
9E1K Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 11 提交 2024-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BF5 (12S)-4-bromo-7,7-dimethyl-9-(piperidin-4-yl)indolo[1,2-a]quinazolin-5(7H)-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.03 M Zinc Acetate 22% v/v PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.307
9E1K Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 11 提交 2024-10-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BF5 (12S)-4-bromo-7,7-dimethyl-9-(piperidin-4-yl)indolo[1,2-a]quinazolin-5(7H)-one × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.03 M Zinc Acetate 22% v/v PEG 3350	分辨率 2.26 Å R-free 0.307
9E30 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 13 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 0.01 M cobalt (III) hexamine chloride 0.1 M HEPES pH 6.1 19% v/v PEG 6000 8% v/v ethylene glycol	分辨率 1.71 Å R-free 0.215
9E30 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 13 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 0.01 M cobalt (III) hexamine chloride 0.1 M HEPES pH 6.1 19% v/v PEG 6000 8% v/v ethylene glycol	分辨率 1.71 Å R-free 0.215
9E30 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 13 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1O (12'S)-4'-chloro-10'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 0.01 M cobalt (III) hexamine chloride 0.1 M HEPES pH 6.1 19% v/v PEG 6000 8% v/v ethylene glycol	分辨率 1.71 Å R-free 0.215
9E31 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 6 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 15% v/v PEG 6000 5.5% v/v ethylene glycol	分辨率 1.96 Å R-free 0.238
9E31 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 6 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 15% v/v PEG 6000 5.5% v/v ethylene glycol	分辨率 1.96 Å R-free 0.238
9E31 Discovery of Potent, Highly Selective and Efficacious SMARCA2 Degraders - Compound 6 提交 2024-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	A1A1P (12'R)-4'-chloro-9'-(piperidin-4-yl)-5'H-spiro[cyclohexane-1,7'-indolo[1,2-a]quinazolin]-5'-one × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.01 M ZnCl2 15% v/v PEG 6000 5.5% v/v ethylene glycol	分辨率 1.96 Å R-free 0.238
9HYB CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3 提交 2025-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYB (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 20 % PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate	分辨率 2.84 Å R-free 0.265
9HYB CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3 提交 2025-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYB (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 20 % PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate	分辨率 2.84 Å R-free 0.265
9HYB CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3 提交 2025-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 O 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYB (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 20 % PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate	分辨率 2.84 Å R-free 0.265
9HYB CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P3 提交 2025-01-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYB (2~{S},4~{R})-~{N}-[(1~{R})-2-[2-[4-[4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-10-[[(2~{S})-oxolan-2-yl]methoxy]-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl]piperidin-1-yl]ethoxy]-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]-1-[(2~{S})-2-[[1-(dimethylamino)cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 20 % PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate	分辨率 2.84 Å R-free 0.265
9HYN CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P1 提交 2025-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYO (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[4-[(6-bromanyl-3-methyl-5-oxidanylidene-4~{H}-imidazo[1,2-a]quinazolin-2-yl)methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M K2HPO4 16 % PEG 8000 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.37 Å R-free 0.262
9HYN CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P1 提交 2025-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYO (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[4-[(6-bromanyl-3-methyl-5-oxidanylidene-4~{H}-imidazo[1,2-a]quinazolin-2-yl)methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M K2HPO4 16 % PEG 8000 0.2 M sodium chloride	分辨率 2.37 Å R-free 0.262
9HYO CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P4 提交 2025-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYN (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[2-[2-[4-[7-(5-bromanyl-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,3-benzoxazin-2-yl)-4-[cyclopropyl(methyl)amino]-5,6,8,9-tetrahydropyrimido[4,5-d]azepin-2-yl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.0 8% ethylene glycol 14% PEG 8K	分辨率 3.74 Å R-free 0.348
9HYP CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMARCA2-VCB-COMPLEX WITH PROTAC P5 提交 2025-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1IYM (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[4-[4-(4-bromanyl-7-cyclopentyl-5-oxidanylidene-6~{H}-benzimidazolo[1,2-a]quinazolin-9-yl)piperidin-1-yl]butoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；28% PEG 3350 0.2 M potassium thiocyanate 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.254
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Q 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Y 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9MR9 Crystal structure of AU-15330 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 c 1373–1493（121 aa）	未记录	A1BNT N-({4-[(6M)-3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl}acetyl)-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.05~0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 7.5~8.5, 10%~24% w/v PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.275
9QAC Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a fragment screening hit 提交 2025-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1373–1493（121 aa）	未记录	A1I5P methyl 2-azanyl-1~{H}-indole-3-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.07 Å R-free 0.220
9QAC Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a fragment screening hit 提交 2025-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1373–1493（121 aa）	未记录	A1I5P methyl 2-azanyl-1~{H}-indole-3-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.07 Å R-free 0.220
9QAC Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a fragment screening hit 提交 2025-02-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	A1I5P methyl 2-azanyl-1~{H}-indole-3-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.01 M ZnCl2, 12 % EG, 17 % PEG6000, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.07 Å R-free 0.220
9S3R Ternary complex structure of compound 1 bound to SMARCA2 bromodomain and DCAF16:DDB1deltaBPB 提交 2025-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1373–1493（121 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 A1JLV 2-[6-azanyl-5-[(1~{S},5~{R})-8-[2-[(~{E})-3-(azepan-1-yl)prop-1-enyl]pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Applied 3.5 uL of sample to grid. wait = 10 sec, drain = 0 sec, blot = 4 sec, blotForce = 4	分辨率 3.30 Å

共 28 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMCA2_HUMAN
Isoform	P51531-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–123； UniProt 1373–1493 作者链 B； PDB构建体 3–123； UniProt 1373–1493 作者链 C； PDB构建体 3–123； UniProt 1373–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qad
沉积日期 deposition_date	2025-02-28
结构标题 title	Crystal structure of the SMARCA2 bromodomain bound to a tricyclic pyrimidoindolone inhibitor (compound 17)
关键词 keywords	bromodomain, fragment screening, structure-based inhibitor design, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.90 Å
零角强度 I(0) i0	53738700.00
分子量 molecular_weight	37870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36595 Å³
包络体积 envelope_volume	66812 Å³
水化壳体积 shell_volume	23965 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.11 Å
包络 Rg envelope_rg	23.75 Å
形状 Rg shape_rg	23.87 Å
总 Rg total_rg	24.55 Å
总原子数 total_atoms	2867
残基数 n_residues	342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6281000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable global transcription activator SNF2L2
分子量 formula_weight	14380.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2907

SMAEKLSPNPPKLTKQMNAIIDTVINYKDSSGRQLSEVFIQLPSRKELPEYYELIRKPVDFKKIKERIRNHKYRSLGDLEKDVMLLCHNAQTFNLEGSQIYEDSIVLQSVFKSARQKIAKEEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-oxidanyl-2-(phenylmethyl)-1,9-dihydropyrimido[4,5-b]indol-4-one
分子量 formula_weight	291.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.023 Å
晶胞边长 b length_b	64.023 Å
晶胞边长 c length_c	88.985 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	34.700 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/qa/9qad/9qad.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qa/9qad/9qad.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qa/9qad/9qad.dat