9dty

Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 221.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dty
沉积日期 deposition_date	2024-10-02
结构标题 title	Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB
关键词 keywords	SMARCA2, VHL, PROTAC, ternary complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.19 Å
零角强度 I(0) i0	7587010000.00
分子量 molecular_weight	486030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	469970 Å³
包络体积 envelope_volume	1053200 Å³
水化壳体积 shell_volume	131500 Å³
包络直径 envelope_diameter	260.8 Å
壳层 Rg shell_rg	64.00 Å
包络 Rg envelope_rg	68.78 Å
形状 Rg shape_rg	69.16 Å
总 Rg total_rg	69.17 Å
总原子数 total_atoms	36861
残基数 n_residues	4465
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.9 Å
Rg (实空间) rg_real	68.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6060e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7559000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.606
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.252
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0094
最高正则化参数 α highest_alpha	1066000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.749; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.090

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform Short of Probable global transcription activator SNF2L2
分子量 formula_weight	13991.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,Y,c,g,k
原子数 atom_count	36947

SAEKLSPNPPKLTKQMNAIIDTVINYKDSSGRQLSEVFIQLPSRKELPEYYELIRKPVDFKKIKERIRNHKYRSLGDLEKDVMLLCHNAQTFNLEGSQIYEDSIVLQSVFKSARQKIAKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	18615.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,Z,d,h,l

GMEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W,a,e,i,m

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X,b,f,j,n

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(4R)-4-hydroxy-1-[(2R)-2-(3-{[(2S)-1-{(3R)-3-[(2M,6aS,11S)-2-(2-hydroxyphenyl)-5,6,6a,7,9,10-hexahydro-8H-pyrazino[1',2':4,5]pyrazino[2,3-c]pyridazin-8-yl]pyrrolidin-1-yl}propan-2-yl]oxy}-1,2-oxazol-5-yl)-3-methylbutanoyl]-N-{(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl}-L-prolinamide ;
分子量 formula_weight	891.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.960 Å
晶胞边长 b length_b	203.630 Å
晶胞边长 c length_c	206.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	49.480 Å
R 因子 r_factor	0.2574
R_work r_work	0.2559
R_free r_free	0.2848

fit	/app/data/saxs_computation/dt/9dty/9dty.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dt/9dty/9dty.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dt/9dty/9dty.dat

Crystal structure of PRT3789 in complex with the bromodomain of human BRM (SMARCA2) and pVHL:ElonginC:ElonginB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)