9qcc

Activated XauSPARDA filament assembly with bound dsDNA substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4365 domain-containing protein

Xanthobacter autotrophicus Py2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 16 DNA 10 RNA 8	Protein argonaute × 8 （A7ICE9） ;DNA (5'-D(APTPTPCPGPGPCPCPGPTPGPTPAPCPAPAPT)-3') ; × 8 ;RNA (5'-R(PAPUPUPGPUPAPCPAPCPGPGPCPCPGPAPAPU)-3') ; × 8 dsDNA substrate, first strand × 1 dsDNA substrate, second strand × 1 CALCIUM ION × 12	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7ICE8_XANP2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 E； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 I； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 M； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 Q； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 U； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 W； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444 作者链 Y； PDB构建体 15–458； UniProt 1–444

Protein argonaute

Xanthobacter autotrophicus Py2

UniProt A7ICE9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 16 DNA 10 RNA 8	DUF4365 domain-containing protein × 8 （A7ICE8） ;DNA (5'-D(APTPTPCPGPGPCPCPGPTPGPTPAPCPAPAPT)-3') ; × 8 ;RNA (5'-R(PAPUPUPGPUPAPCPAPCPGPGPCPCPGPAPAPU)-3') ; × 8 dsDNA substrate, first strand × 1 dsDNA substrate, second strand × 1 CALCIUM ION × 12	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A7ICE9_XANP2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 F； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 J； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 N； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 R； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 V； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 X； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482 作者链 Z； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qcc
沉积日期 deposition_date	2025-03-04
结构标题 title	Activated XauSPARDA filament assembly with bound dsDNA substrate
关键词 keywords	short prokaryotic Argonaute, bacterial defence system, DREN domain, DREN-APAZ, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qcc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qcc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qcc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	74.06 Å
Rg（电子密度）	74.12 Å
总 Rg	74.05 Å
原子数	60098
残基数	7020
排除体积	1045600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qcc__assembly_1__model_1`	34-meric （34）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DUF4365 domain-containing protein
分子量 formula_weight	52420.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,W,Y
原子数 atom_count	60115

MGGSHHHHHHGMASMSKRITDSQVLGELGETAIKKIVLETGFLYEQRGRLEAGTDGIIELRDPKSGAPLGKLLGVQVKSTESGQYVRENDNSFEYLLKPDDLKYWRTSNIPVIIVLWRKSDETAYWKDVSDCVRGEERRLKFDKGTDVFDPRSADRIGALTIDRRTPGVFLPPLNKGEDAIINLLRIRLPDEIFISTSPFGSGRDAVPELVKHGNVRFDWVIRKRRFVSFFDPREYGTRAIVDLDQVEAVDTKLIAFNDEQDDLNDTMDLLRRTVERQTATQLSFLRKDRLFHFKAVGVGKSRSYRYMSNVNETSAKVVSAYSSKKKDGWGYVRHHAARLRFERLADEWFLVIDPDFHFTTDGFQPHRYPEALLAGKKRLERNAAVRGQVTMWQHLLVESGKHEVGLFDADKPAPLLQFERLPVIQLSQAVPESSWNRTDPRAKEMEAQDLFEEGGVG

来源 Source

来源生物 organism	Xanthobacter autotrophicus Py2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78245
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein argonaute
分子量 formula_weight	53589.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,X,Z

MTFKAHVFDEPMLEFGDGGQHCDPRQGLREHGPLQPRSGDVIRVGVIGTDDTVAGFTEFLAETGRGIESGNKQLINLNPDFPGLGNQNPFRCKFEVPDGATVTISRRQVNDITGIGRHDEAVRHAVELISSQLSALVEGSAKPDVIVLALPIPLIEKLVNAKSEGEDSDDDVDGGDMLNFRDLLKAKTLHLPVPTQIVWPDTWDDAAKIPRKIKRDSNRQTQVKATRAWNLLNALFYKAGKVPWRLLPDQAEYRTSFLGIGFYRDLDGQQLWTSTAQMFDERGRGLILRGARAQTETRGRHPYLTAKDAEDLVVQSIAAYKAHHRHVPARLVVLKTSRFRSEEAEGIDAALGKSGIEMSDLVWVQESSPIAIFRDGNYPVLRGTFVDLDGKGLLYTRGSVPFYGTFPGLRVPRPLLLVPHENSDSTILTLAKDVLALTKVNWNTTQFDQKLPAPIKAAREVGRILKHVEFGTAVSSDFRRYT

来源 Source

来源生物 organism	Xanthobacter autotrophicus Py2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	78245
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPCPGPGPCPCPGPTPGPTPAPCPAPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5202.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O,1,3,5,7

ATTCGGCCGTGTACAAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPUPUPGPUPAPCPAPCPGPGPCPCPGPAPAP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	5427.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P,2,4,6,8

AUUGUACACGGCCGAAU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	dsDNA substrate, first strand
分子量 formula_weight	12994.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S

ATAATGGTTTCTTAGACGTCGTTTTAGAGCTGTGTTGTTTCG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	dsDNA substrate, second strand
分子量 formula_weight	12862.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CGAAACAACACAGCTCTAAAACGACGTCTAAGAAACCATTAT

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	204199

Activated XauSPARDA filament assembly with bound dsDNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4365 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein argonaute

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qcc__assembly_1__model_1

9qcc__assembly_1__model_1 | I(q)

9qcc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Activated XauSPARDA filament assembly with bound dsDNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4365 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein argonaute

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qcc__assembly_1__model_1

9qcc__assembly_1__model_1 | I(q)

9qcc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)