9qe3

Structure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a truncated version of the Staphylococcal Peroxidase Inhibitor SPIN and selenocyanate at pH 5.5

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myeloperoxidase inhibitor SPIN

Staphylococcus aureus

UniProt Q2G0X2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 43–102 链 F; UniProt 43–102 未记录 Myeloperoxidase light chain × 2 (P05164) Myeloperoxidase heavy chain × 2 (P05164) ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 SEK SELENOCYANATE ION × 32 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295.15 K;0.1 M Na Acet 5.5 pH (Buffer) 6 %(w/v) PEG 8K (Precipitant) 10 %(w/v) PEG 1K (Precipitant) 0.4 M KSeCN (Salt) 分辨率 2.06 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2G0X2_STAA8
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–60; UniProt 43–102 作者链 F; PDB构建体 1–60; UniProt 43–102

Myeloperoxidase light chain

物种未注明

UniProt P05164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 2 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 165–278 链 B; UniProt 279–745 链 C; UniProt 165–278 链 D; UniProt 279–745 片段:UNP RESIDUES 167-271 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Myeloperoxidase inhibitor SPIN × 2 (Q2G0X2) ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 SEK SELENOCYANATE ION × 32 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295.15 K;0.1 M Na Acet 5.5 pH (Buffer) 6 %(w/v) PEG 8K (Precipitant) 10 %(w/v) PEG 1K (Precipitant) 0.4 M KSeCN (Salt) 分辨率 2.06 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、108 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PERM_HUMAN
Isoform
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 165–278 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 165–278 作者链 B; PDB构建体 1–467; UniProt 279–745 作者链 D; PDB构建体 1–467; UniProt 279–745

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qe3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qe3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qe3
沉积日期 deposition_date2025-03-07
结构标题 titleStructure of native leukocyte myeloperoxidase in complex with a truncated version of the Staphylococcal Peroxidase Inhibitor SPIN and selenocyanate at pH 5.5
关键词 keywordsInnate immunity, enzyme substrate complex, inhibitor, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.90
零角强度 I(0) i0375616000.00
分子量 molecular_weight150400.0 kDa
排除体积 excluded_volume184740 ų
包络体积 envelope_volume224360 ų
水化壳体积 shell_volume52550 ų
包络直径 envelope_diameter119.3
壳层 Rg shell_rg42.29
包络 Rg envelope_rg35.00
形状 Rg shape_rg34.90
总 Rg total_rg35.37
总原子数 total_atoms20322
残基数 n_residues1252
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.0
Rg (实空间) rg_real35.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real3.7560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal375600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8904
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.4
偏度 Skewness skewness0.341
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha89360000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.928

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)