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9qr4

InlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 172.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Internalin B

Listeria monocytogenes EGD-e

UniProt P0DQD2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 36–392 突变：T336Y GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir. 分辨率 1.60 Å R-free 0.196
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 36–392 突变：T336Y GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir. 分辨率 1.60 Å R-free 0.196
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 36–392 突变：T336Y GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution: MORPHEUS Screen, Condition F3: 0.1 M mixture of imidazole and MES (acid) pH 6.5, 10% PEG4000, 20% glycerol, 0.02 M of each monosaccaharide: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine. Protein buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Protein concentration: 10 mg/ml. Drop size: 1 ul protein + 1 ul reservoir. 分辨率 1.60 Å R-free 0.196

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9QR4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7NMS InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2021-02-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–392（357 aa）
突变：T332E SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Reservoir solution: 0.1 M succinate, pH 7.0, 0.2 M Li2SO4, 22.5 % PEG mixture consisting of equal amounts of eight low molecular weight PEGs (PEG 300, PEG 400, PEG 500MME, PEG 550MME, PEG 600, PEG 750MME, PEG 1,000, PEG 1,000MME); Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)
分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7PV8 InlB392_T332E: T332E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2021-10-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–392（357 aa）
突变：T332E EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition G2): 0.1 M (imidazole / MES), pH 6.5; 20 % v/v ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8,000; 0.02 M sodium formate; 0.02 M ammonium acetate; 0.02 M sodium citrate tribasic dehydrate; 0.02 M sodium potassium tartrate tetrahydrate; 0.02 M sodium oxamate; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)
分辨率 2.05 Å R-free 0.229
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–392（357 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)
分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 36–392（357 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)
分辨率 3.30 Å R-free 0.272
7PV9 Listeria monocytogene InlB (internalin B) residues 36-392 (internalin domain and B-repeat) 提交 2021-10-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 36–392（357 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Reservoir solution (Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition E6): 0.1 M (HEPES sodium salt / MOPS acid), pH 7.5, 20 % v/v ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8,000, 0.03 M diethylene glycol, 0.03 M triethylene-glycol, 0.03 M tetraethylene glycol, 0.03 M pentaethylene glycol; Protein solution: 10 mg/ml in 10 mM Tris, pH 8.0, 20 mM NaCl; Drop size: 100 nl + 100 nl (protein + reservoir)
分辨率 3.30 Å R-free 0.272
8QP7 Crystal structure of Hepatitis C Virus E2 glycoprotein epitopeI 411-424 scaffold design 4CIL_04 提交 2023-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 84–321（238 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% (w/v) PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 9.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.262
9QR5 InlB392_V333E: V333E variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392 提交 2025-04-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–392（357 aa）
突变：V333E GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir solution: PEG Smear Screen Medium Molecular Weight, Condition E1: 0.1 M HEPES pH 7.5, 22.5% PEG medium molecular weight (MMW) mixture consisting of PEG1500, PEG2000, PEG2000MME, PEG3000, PEG3350, PEG4000, PEG5000MME. Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 20 mM NaCl. Drop size: 200 nl protein + 100 nl reservoir.
分辨率 1.45 Å R-free 0.179

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INLB_LISMO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–362； UniProt 36–392 作者链 B； PDB构建体 6–362； UniProt 36–392 作者链 C； PDB构建体 6–362； UniProt 36–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qr4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qr4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qr4
沉积日期 deposition_date2025-04-03
结构标题 titleInlB392_T336Y: T336Y variant of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) residues 36-392
关键词 keywordsLEUCINE RICH REPEAT, PROTEIN BINDING, PATHOGENICITY, VIRULENCE FACTOR, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.71 Å
零角强度 I(0) i0205752000.00
分子量 molecular_weight121060.0 kDa
排除体积 excluded_volume153520 ų
包络体积 envelope_volume231100 ų
水化壳体积 shell_volume46003 ų
包络直径 envelope_diameter166.6 Å
壳层 Rg shell_rg43.81 Å
包络 Rg envelope_rg47.37 Å
形状 Rg shape_rg46.82 Å
总 Rg total_rg46.15 Å
总原子数 total_atoms17229
残基数 n_residues1072
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.7 Å
Rg (实空间) rg_real46.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.55 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal205600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7460
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.9 Å
偏度 Skewness skewness0.598
峰度 Kurtosis kurtosis-0.035
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9234000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.620; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)