SAXSdb — 9qt3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelop protein OPG153

Vaccinia virus Western Reserve

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Heavy chain of Fab 8M2110 × 1 Light chain of Fab 8M2110 × 1 Anti-Fab VHH × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Heavy chain of Fab 8M2110 × 1 Light chain of Fab 8M2110 × 1 Anti-Fab VHH × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Heavy chain of Fab 8M2110 × 1 Light chain of Fab 8M2110 × 1 Anti-Fab VHH × 1 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Heavy chain of Fab 8M2110 × 1 Light chain of Fab 8M2110 × 1 Anti-Fab VHH × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PG153_VACCW
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 E； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 I； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 M； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qt3
沉积日期 deposition_date	2025-04-07
最后修订 last_revision	2025-11-19
结构标题 title	Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with Fab 8M2110
关键词 keywords	vaccinia virus mpox virus orthopoxvirus neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qt3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qt3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qt3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.49 Å
Rg（电子密度）	36.29 Å
总 Rg	36.71 Å
原子数	7061
残基数	898
排除体积	125060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qt3__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9qt3__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9qt3__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9qt3__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelop protein OPG153
分子量 formula_weight	52359.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	28702

MANIINLWNGIVPTVQDVNVASITAFKSMIDETWDKKIEANTCISRKHRNIIHEVIRDFMKAYPKMDENKKSPLGAPMQWLTQYYILKNEYHKTMLAYDNGSLNTKFKTLNIYMITNVGQYILYIVFCIISGKNHDGTPYIYDSEITSNDKNFINERIKYACKQILHGQLTIALRIRNKFMFIGSPMYLWFNVNGSQVYHDIYDRNAGFHNKEIGRLLYAFMYYLSISGRFLNDFALLKFTYLGESWTFSLSVPEYILYGLGYSVFDTIEKFSNDAILVYIRTNNRNGYDYVEFNKKGIAKVTEDKPDNDKRIHAIRLINDSTDVQHIHFGFRNMVIIDNECANIQSSAENATDTGHHQDSKINIEVEDDVIDDDDYNPKPTPIPEPHPRPPFPRHEGSGLVPRIGSGSAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKGTGGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of Fab 8M2110
分子量 formula_weight	23980.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCSVSGGSISTYYWSWIRQPAGKGLEWIGLMYNSGSPNYNPSLKSRVTMSGDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARLRYDFWSGSKGRYYMDVWGKGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of Fab 8M2110
分子量 formula_weight	23449.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCQASQDISNYLNWYQQKPGQAPKLLIHDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTFTVSSLQAEDIATYYCQQYYNLPFTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Anti-Fab VHH
分子量 formula_weight	13390.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

GSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	433

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晶胞边长 a length_a	119.405 Å
晶胞边长 b length_b	119.405 Å
晶胞边长 c length_c	632.812 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	39.080 Å
R 因子 r_factor	0.2023
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2357

Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with Fab 8M2110

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelop protein OPG153

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qt3__assembly_2__model_1

9qt3__assembly_2__model_1 | I(q)

9qt3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Structure of vaccinia virus A26 (residues 1-397) in complex with Fab 8M2110

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelop protein OPG153

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qt3__assembly_2__model_1

9qt3__assembly_2__model_1 | I(q)

9qt3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)