SAXSdb — 9qz5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-hydroxyacyl-CoA lyase

Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 ;S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate ; × 4 MAGNESIUM ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HACL_ACTC0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–601； UniProt 1–590 作者链 B； PDB构建体 12–601； UniProt 1–590

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qz5
沉积日期 deposition_date	2025-04-22
最后修订 last_revision	2026-02-04
结构标题 title	Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493S structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP
关键词 keywords	ThDP, CoA, HACL, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qz5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qz5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qz5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.08 Å
Rg（电子密度）	36.98 Å
总 Rg	37.39 Å
原子数	17536
残基数	2294
排除体积	307620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qz5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-hydroxyacyl-CoA lyase
分子量 formula_weight	65320.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9737

MASHHHHHHSGMADRQDAERSGAGPARQSVPVASLVAEFLQEHGVDRVFGLQGGHIQPIWDQLARRGVRIVDVRDEGSAVHMAHAHTELTGQTAVAMVTAGPGVTNTVTAVANASVSRIPLLVIGGCPPIPQSNMGPLQDIPHTAILEPITRLARTLRSADQVLREFDEAWARASGDRGEPGPVYLEIPTDVLRRDVPPALQMREHLRAKPKRRPQPHPDDVAAVADLIRAAEKPAIISGRGARTTDGTDLVRLLDASGAAYLDTQESRGLVPDSHPAAVGSARSAVMRDTDLLITVGRQLDYQLGMGSPAVFPHAKVVRIADTASELIDNRRGEVEILAEPGAALAAIADALKDHTPDTSWRDELKAKHRKRAEDYRQALHSTENGADGHIHPNRIFGALDALDGDVLDLGETIMIADGGDLLSFGRLGITKARRYLDAGAFGCLGVATPFAIGAALAYPDRPVVAVTGDGAFGITATEIDTAVRHDAKIVVIVSNNRAWNISRYDQAENYGLVVGTDLADSDYAGVARAFGAHGERVTDPAELEGAIRRALANAPALVDVVTTQDAASPDSGKGLGFVPDYQALTPWNDAEVARRQEGIGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1120948
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	423.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate ;
分子量 formula_weight	853.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	918

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晶胞边长 a length_a	103.860 Å
晶胞边长 b length_b	148.156 Å
晶胞边长 c length_c	174.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.572 Å
最低分辨率 resolution_low	87.288 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1641
R_free r_free	0.2013

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493S structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-hydroxyacyl-CoA lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qz5__assembly_1__model_1

9qz5__assembly_1__model_1 | I(q)

9qz5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493S structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-hydroxyacyl-CoA lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qz5__assembly_1__model_1

9qz5__assembly_1__model_1 | I(q)

9qz5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)