9r3g

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Cryptosporidium parvum / Plasmodium falciparum chimera COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD02174286

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-tRNA ligase

Cryptosporidium parvum Iowa II

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	LYSINE × 2 ;2-azanyl-6-[[(1~{R},3~{S})-1-[2-(1,7-diazaspiro[3.5]nonan-7-yl)ethyl]-3-(trifluoromethyl)cyclohexyl]methyl]-4-(trifluoromethyl)-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one ; × 2 GLYCEROL × 5 SULFATE ION × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5CR27_CRYPI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–535； UniProt 46–559 作者链 B； PDB构建体 22–535； UniProt 46–559

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r3g
沉积日期 deposition_date	2025-05-05
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Cryptosporidium parvum / Plasmodium falciparum chimera COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD02174286
关键词 keywords	inhibitor, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9r3g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9r3g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9r3g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.70 Å
Rg（电子密度）	31.91 Å
总 Rg	32.60 Å
原子数	8196
残基数	998
排除体积	146410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9r3g__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-tRNA ligase
分子量 formula_weight	61464.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.6
突变 mutation	P272T, N293V, A309S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9068

MAHHHHHHMGTLEAQTQGPGSHYTDNRYKMMECIKDAGRPFYPHKFKISMSLPAYALKYGNVENGYIDKDTTLSLSGRVTSIRSSSSKLIFYDIFCEEQKVQIIANIMEHDISTGEFSVSHSEIRRGDVVGFTGFPGKSKRGELSLFSKSVVLLSPCYHMLPTAISGLKDQEVRYRQRYLDLMLNEESRKVFKLRSRAIKYIRNYFDRLGFLEVETPMLNMIYGGAAARPFITYHNELETQLYMRIATELYLKQLIVGGLDKVYEIGKVFRNEGIDLTHNPEFTSMEFYMAYADYYDLMDLTEELISGLVLEIHGSLKIPYHPDGPEGKCIEIDFTTPWKRFSFVEEIESGLGEKLKRPLDSQENIDFMVEMCEKHEIELPHPRTAAKLLDKLAGHFVETKCTNPSFIIDHPQTMSPLAKWHREKPEMTERFELFVLGKELCNAYTELNEPLQQRKFFEQQADAKASGDVEACPIDETFCLALEHGLPPTGGWGLGIDRLIMFLADKNNIKEVILFPAMRNVKQNAQHSNQHSGN

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum Iowa II
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	353152
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;2-azanyl-6-[[(1~{R},3~{S})-1-[2-(1,7-diazaspiro[3.5]nonan-7-yl)ethyl]-3-(trifluoromethyl)cyclohexyl]methyl]-4-(trifluoromethyl)-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one ;
分子量 formula_weight	534.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	854

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晶胞边长 a length_a	72.808 Å
晶胞边长 b length_b	116.579 Å
晶胞边长 c length_c	142.991 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	61.830 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.1897

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Cryptosporidium parvum / Plasmodium falciparum chimera COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD02174286

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9r3g__assembly_1__model_1

9r3g__assembly_1__model_1 | I(q)

9r3g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF LYSYL-TRNA SYNTHETASE FROM Cryptosporidium parvum / Plasmodium falciparum chimera COMPLEXED WITH L-LYSINE AND INHIBITOR DDD02174286

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-tRNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9r3g__assembly_1__model_1

9r3g__assembly_1__model_1 | I(q)

9r3g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)