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9r99

DhhP of Borrelia burgdorferi in complex with MD1252

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DHH family

Borreliella burgdorferi

UniProt O51564

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 2 FE (III) ION × 2 ;[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-fluoranyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-[2-[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]ethenyl]phosphinic acid ; × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 2 FE (III) ION × 2 ;[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-fluoranyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-[2-[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]ethenyl]phosphinic acid ; × 1 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 2 FE (III) ION × 2 ;[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-fluoranyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-[2-[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]ethenyl]phosphinic acid ; × 1 与蛋白数一致
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MANGANESE (II) ION × 2 FE (III) ION × 2 ;[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-fluoranyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl]oxy-[2-[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]ethenyl]phosphinic acid ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
9r7o 9r7o 9r7o 9r7o 9r97 9r97 9r97 9r97 9r98 9r98 9r98 9r98

共 16 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O51564_BORBU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 B； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 C； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 D； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 E； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 F； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 G； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320 作者链 H； PDB构建体 6–325； UniProt 1–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9r99
沉积日期 deposition_date2025-05-19
结构标题 titleDhhP of Borrelia burgdorferi in complex with MD1252
关键词 keywordsphosphodiesterase, c-di-AMP, cyclic di-AMP, heterobimetallic, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9r99__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9r99__assembly_4__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9r99__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）28.44 Å
Rg（电子密度）27.70 Å
总 Rg28.41 Å
原子数5164
残基数646
排除体积92777 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9r99__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 9r99__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 9r99__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 9r99__assembly_4__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 引用文献 (1)