9rce

Cryo-EM structure of a contractile injection system in Salmonella enterica subspecies Salamae, the baseplate portion in extended state.

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan-binding protein

Salmonella enterica subsp. salamae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 43	Conserved hypothetical phage tail region protein × 6 （A0A379QYS5） SalCis12 × 6 GPW/gp25 family protein × 6 Phage tail sheath family protein × 6 SalCis6 × 3 Type VI secretion system tip protein VgrG × 3 SalCis10 × 1 （A0A379R0X0） Baseplate protein J-like domain-containing protein × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A730ZGQ3_SALHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217 作者链 M； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

Conserved hypothetical phage tail region protein

Salmonella enterica subsp. salamae

UniProt A0A379QYS5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 43	Peptidoglycan-binding protein × 6 （A0A730ZGQ3） SalCis12 × 6 GPW/gp25 family protein × 6 Phage tail sheath family protein × 6 SalCis6 × 3 Type VI secretion system tip protein VgrG × 3 SalCis10 × 1 （A0A379R0X0） Baseplate protein J-like domain-containing protein × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A379QYS5_SALER
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 N； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

SalCis10

Salmonella enterica subsp. salamae

UniProt A0A379R0X0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 43	Peptidoglycan-binding protein × 6 （A0A730ZGQ3） Conserved hypothetical phage tail region protein × 6 （A0A379QYS5） SalCis12 × 6 GPW/gp25 family protein × 6 Phage tail sheath family protein × 6 SalCis6 × 3 Type VI secretion system tip protein VgrG × 3 Baseplate protein J-like domain-containing protein × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A379R0X0_SALER
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rce
沉积日期 deposition_date	2025-05-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of a contractile injection system in Salmonella enterica subspecies Salamae, the baseplate portion in extended state.
关键词 keywords	contractile injection system Salmonella, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rce__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rce__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rce__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	87.52 Å
Rg（电子密度）	86.87 Å
总 Rg	86.95 Å
原子数	298965
残基数	18868
排除体积	2678100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rce__assembly_1__model_1`	43-meric （43）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptidoglycan-binding protein
分子量 formula_weight	23868.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M
原子数 atom_count	100103

MEKITIKSITSKGTVAQTFSATLNPNSIKHNFGISYTDKGPQQQGDISPTTVFKGYESEKLDFELLFDGTGVTGSTSTNTVQKQLATLKKVTYAYNGEQHEPNPVVIAWGSSVNFQGRLTAISINYSLFDSSGNPLRATVSLSFAKYLTQQEKSALKKQSSPDLTHIIEFKAGDTLPMLCHKIYNDSSYYIDVARANNLVSARQITPGTKIYFPPLI

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Conserved hypothetical phage tail region protein
分子量 formula_weight	17506.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,N

MVTAKGSGAAQGDGDWPLPAFYFSVSISGCADDTAFQEVSGLEFQIETEEYREGGNNLVYHLPKTIKSSNLTLKRAVTDKASRLLSWCLDILNDELSKPIQTKSVSINLLNEKGTTCKSWTASNAYPVKLKMAPFNSTQNDIAIEEIEICFHHLKRNL

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SalCis12
分子量 formula_weight	93034.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,J

MPAHSDWGVNSTMSKTISKKDHNDNPNSFGHLYQLGLTYIQQLSGHLWTDYNTHDPGMTILEQVCYALTDLIYRCEFEVTDYLSEPSGNIDYRAHGLALAEDIIPSYPQQPKEYEAWLLARLPELDKVWLRNSENDSHLGIYTLNAQLNHFYALSQQRAVTGKHSVYTQQYAALHRIRHEYYRVRAVGEDLAAIELTGQHPLSLSAVIHISDDVADVTWLAACIYHRIHLWLESNQQNTPVNVIKESLLAEDGILQIDRLEFMQHSDNVSHDEQKAIDNIAPFSYLMLPEASAHSGIEIVQFQHPVNIDYADLAIQIEQIQYQQRNAQLKTPTPPALPVGQYVDFTRYESIQTLFPRNYHLAPGTPIQYHAQQQAQRHQLRSYLLLFDQLMANFCDDIAGLNALFSLSLTPEVTYHAHSLQDDEFYNIEKHYPRDANAGLERLRAQLDNYPERKNRIFNYLLALYSERYPDWLHRQFNPYFSTQTLEKEILKYKQAFILNIVTMTNGRGIGDNLLQPEHQGGYCQRLALLLGLFPSVDAAKGNVRTFARYSLNLVSDQDYFHSDTGRKALWLTTLEAQTSLQPIEENALTGYPKESDIHDTLLTAPLFREKILPDALLQFGIDNHRYRLLSRQNHDVHQLFFHVDIDGHKRWFHIASHSDKQALILLCHQLQRWLVQLNRDSEELYVVEPILLRTEATSASLSDYANRVILVLPGYTARFSNLRFREQVEQLIVENSPAHLLTQCLWLDFAMFNQFETLYTQWRQAKSNALQHKERQPECDATAQRLYLFLQRASIGADGVESQ

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GPW/gp25 family protein
分子量 formula_weight	16921.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,K

MANDNTFLGTGWAFPPRFTGPNHQVVMSSDMQDIEQSLTLLLSTTPGERLMTPDFGCRINQFVFEELTQTVLTQLSSEIRHAILFFESRIDVEDVHFLPEPLSGKLLIQIDYSVITTNTRSNMVYPFYLNEGTLISPQLLPLANEWDIA

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phage tail sheath family protein
分子量 formula_weight	57351.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

MGVMKTPGVYIVEQNAFPNSVVEVATAVPAFIGYTEKADNGGKSLSNKGWRITSMSEYRQYFGGEPQHLFEISEISTTSNANIREAFKQSGKTYQITQSNTRHHLYYSMLFFFQNGGGPCYIVSVGNYSDDIDAAVLKGGILPLIKEAEPTMLLIPEAIQLAEDDCINVEQAMLGHCGGKMKNRVAILDVWNGYKDRQHPDGDCVESFRSKLGTHYLDYAAAYYPWLNTSIVQDSDVSFLNISNIDKLAELLSGEVALMFSDLEGLSEEELSTGGNKLRATRKQAMLDEIAKLSAEISRPDAVLLHKILSNMSPLYQTIMADIKFQQNILPPSSAMAGIYTMVDNSRGVWKAPANVSVNAVVSPTVNISDDEQEDLNVTTQGKSINAIRPFIGEGTLVWGARTLDGNSVDWRYINVRRTMIMLEESIKLASKAYVFEPNVANTWVSMESMLSNFLYGIWKRGGLAGSTPGEAYNVSVGLGKTMTSNDILEGILRITVLVAMVRPAEFIEITFQQKMQES

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	SalCis6
分子量 formula_weight	6294.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VPLEIKQLVIKSQTINDDNKSPSFGSDWPGIESEESVSAKVIPYPFMPSPDEVRER

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Type VI secretion system tip protein VgrG
分子量 formula_weight	63170.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAISPLSNNSTGVTTYTIKVGGKAIDSAIGVIAIHIHYQVNHIATAEITISDGDMPTQRFDISDADTFKPGSTISISAGYASDEQTIFDGIIISHGIEIAANNSSSLSVICKDQAVAMTIAKHSQCFLGKSDSKIISTLLANYPNITASVGRITDPHSELVQFNSTDWDFILTRAEANGFVVTNQSNKVTVDKPAISNAADLVVTYGTDLISFSAKVDARNQLKSVTATAWDPAKQSMVTGTGPAQSISGQGNLTSSELAKVLGISDYTLQTASTLSTDSLTRWADGQQVKAMLSKVRGSVTFQGNASATINSLIELAGVGERYNGSHYISGVHHSIEKGQWITTAELGMSPMWSADHRDIGAPPASGYLPPVDGLQIGVVTKLDGDPESNYRIQIKIPTLNSEANVIWARLASYYASSGFGNFFIPEVGDEVIVGCINQDPSNPIILGSLYSSKNKMPEEMTSDNYIKTLVTKSKMKIIFDDENSVMTLKTPNGNTVVISDKNKSITLADQNSNTICMDKNGIAITSSKDVMISAKGGVNISSTRDTIVKATGDAKISGLNISAQANTGLTLKGTATAELSCSGITTVKGALVKIN

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	SalCis10
分子量 formula_weight	9573.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MPFAARITDLQMCPMSTPGLPPIPHVGGPIIGPGVPTVLIGSLPAAVVGDSCVCVGPPSTIVKGSATVLIGGKPAARMGDTTSHGGSITIGCPTVIIGG

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Baseplate protein J-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	150611.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G

MTSRQQRQDEAINSSLFHPHELSFEQLVGWAHQFAQQLPFRNLQDQADGHWGNLFQKSEIVVCAAISTSDTKHIQRQFKQALAHDENVTVEFLLILLKRLQAWYQHLPGAPETAYQFKYYLLHEYQRHLSLPLSLVICRLPEQFRHSVQELDPLWNLDQHTLDTASPVLQHSSFTEQMRHCFAKIVFVIEQIKKQSQQVLQAALMHQENNPQQALYFAFLKLFERAQQSLNQFTEKHLQFYYRQVLQQEKQSARENAVYLKLSLNHPTSSSIQFEQGAKFSPGDDPDFKPIAYRSRYPIEVTDAEVSHVFNLTLQRDPLVSPEKESGLVCGVSGQRVQITAGATGDDFPKAQQFNIFNNKYKTEDSTQPMGLIISDPLFSMQQGKRVIEIIVHLKEVRSSIVAQELLVVDDNNKTSAALTHIFAQLLSLHVHLFEDWAARITASGLTKQISQEQLSQFRQLRPSQRVWVAYKLFYLQTLQYICSTPEKGMQYGLSKIDLLFRIVGQMVSRRCLYTSAWLTKTDISTALSGLKSILVADPTAYTTIEELLSHSTTAAFYQIFQGGFDIEATTENGWELIDNVEIYPCPPQECQIGFKVKCHIDTGFAPIIPRLAHLPHSASLKITLKRQSNCFPYAIFRDFELSKLAMSTQVCGVTQLQLFNPEGQVDSSQPFFLFGSQPYMDAYVVLANEEIARKSISQLSLHLDWGNLPRGSDGFKQHYAEYHYPYTNASFQMRAEVLNNGRWVEFGPTGFSLFTPASGALRHDSHLHFLNMRNGYTPVTRPWPKTPYSNQSGLRNGLFKLLLTGPEPAFGHKDYAPLLSDTLTYNVTKKHKKTLPNQPYTPLVTHISIDYSAESTIDLLSVDRRSQSEIIHLYPFGENIIYPPKQTSPVHRPRFFPNYKEDSHCFIGITARELSGYLNIFFVFDGSARLVMPYPSTSYRWYYLVDNEWQALNPHQIIHDTTLNFLTTGIVTLDLPSEINTDHSVMPSGLFWLRVSTNKGIDRYPDCLHVATHVVKVTGKGVPLADDGITPLSFSSWRSTPRKANLAAIAQLNAMIRIPDIESEQHFQMRVSENLRHKGKALTPWDYEHLILENFPEVGSVHCFPTRSYYSLNQEPGRVLIIVTPLNTDCDHSLCSPKQLDSSYLLAIRRFLLSVSRSHVQIEVRNPGYEKIQIRCKVTLKEGVSHGPALRRLEYAIKAQLCPWEADTLNTGPGFCLSLEKLSAFILKQKNVVKVSALSALKISLDENTEYVLQDSAATSQPIRAAYPWFLLIPEEHQYIQISPDNLSHKPVTVGIGELVIGEQFIVSTSPTSPPKGAQNNG

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. salamae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59202
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	20065

Cryo-EM structure of a contractile injection system in Salmonella enterica subspecies Salamae, the baseplate portion in extended state.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Conserved hypothetical phage tail region protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SalCis10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rce__assembly_1__model_1

9rce__assembly_1__model_1 | I(q)

9rce__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)