9rg1

Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis, Grogu variant, in complex with alpha-ionone

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme-thiolate peroxidase

Candolleomyces aberdarensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 alpha-ionone × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ETHANOL × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 2	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 alpha-ionone × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ETHANOL × 1 ZINC ION × 6 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHATE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A4Q2DF39_9AGAR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–334； UniProt 46–379 作者链 B； PDB构建体 1–334； UniProt 46–379

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rg1
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
最后修订 last_revision	2026-04-01
结构标题 title	Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis, Grogu variant, in complex with alpha-ionone
关键词 keywords	Peroxygenase, peroxidase, OXIDOREDUCTASE, complex, alpha-ionone; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rg1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rg1__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rg1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.59 Å
Rg（电子密度）	19.41 Å
总 Rg	20.50 Å
原子数	2779
残基数	334
排除体积	49037 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rg1__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9rg1__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heme-thiolate peroxidase
分子量 formula_weight	36575.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.2.1
突变 mutation	S61A, L79I, A252L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6373

LNEVDPPTPPGPLAYNGTKLVHDDAHPFKAPEQGDIRGPCPGLNTLANHGYLPHNGVATPAQIIEAVQEGFNMEHATAIFVTYAAHLVDGNLVTDLLSIGEKTGLTGLDPPAPAIVGGLNTHAVFEGDASMTRADFFFGDNHNFNQTLFDQFVDFSNRFGGGFYNYTVAAELRFQRIQESIATNPQFSFISPRFFTAYAESTFPVNFFVDGRSTEKKLDMEAATSFIRDGKYPQDFHRAAQPSSTEGIDIVLSAHPVAPGENRDGKINNYVPDPTSADFSTFCLLYTNFVNQTIGGLYPNPTGVLRRNLIKNLRFFYSGIADAGCEELFPYGQL

来源 Source

来源生物 organism	Candolleomyces aberdarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2316362
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii CBS 7435

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	alpha-ionone
分子量 formula_weight	192.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	772

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晶胞边长 a length_a	76.587 Å
晶胞边长 b length_b	76.587 Å
晶胞边长 c length_c	271.901 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	47.520 Å
R 因子 r_factor	0.1628
R_work r_work	0.1613
R_free r_free	0.1913

Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis, Grogu variant, in complex with alpha-ionone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme-thiolate peroxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rg1__assembly_2__model_1

9rg1__assembly_2__model_1 | I(q)

9rg1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

Unspecific peroxygenase from Psathyrella aberdarensis, Grogu variant, in complex with alpha-ionone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heme-thiolate peroxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rg1__assembly_2__model_1

9rg1__assembly_2__model_1 | I(q)

9rg1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)