← 返回搜索
9rit

Co-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex with cardiotoxin (P01468) Naja pallida

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.8 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytotoxin 1

物种未注明

UniProt P01468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–60 未记录 Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH) × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, 30% w/v PEG 4000. 25% (v/v) glycerol as cryoprotection. 分辨率 1.60 Å R-free 0.258
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–60 未记录 Variable Domain of Heavy-Chain only Antibody (VHH) × 1 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.6, 30% w/v PEG 4000. 25% (v/v) glycerol as cryoprotection. 分辨率 1.60 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9RIT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CXN REFINED THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF A SNAKE CARDIOTOXIN: ANALYSIS OF THE SIDE-CHAIN ORGANISATION SUGGESTS THE EXISTENCE OF A POSSIBLE PHOSPHOLIPID BINDING SITE 提交 1994-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–60（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CXO REFINED THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF A SNAKE CARDIOTOXIN: ANALYSIS OF THE SIDE-CHAIN ORGANISATION SUGGESTS THE EXISTENCE OF A POSSIBLE PHOSPHOLIPID BINDING SITE 提交 1994-11-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–60（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–60（60 aa）
链 B 1–60（60 aa）
链 C 1–60（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 28 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–60（60 aa）
链 B 1–60（60 aa）
链 C 1–60（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 28 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–60（60 aa）
链 B 1–60（60 aa）
链 C 1–60（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 28 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1TGX X-RAY STRUCTURE AT 1.55 A OF TOXIN GAMMA, A CARDIOTOXIN FROM NAJA NIGRICOLLIS VENOM. CRYSTAL PACKING REVEALS A MODEL FOR INSERTION INTO MEMBRANES 提交 1993-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–60（60 aa）
链 B 1–60（60 aa）
链 C 1–60（60 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 28 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
9BK6 Structure of B10_CYTX binder-complex 提交 2024-04-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–60（60 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 0.01 M Zinc chloride, 20% (w/v) PEG 6000 and 10 % (v/v) Ethylene glycol
分辨率 2.00 Å R-free 0.285

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 3SA1_NAJPA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60 作者链 D； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9rit

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9rit
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9rit
沉积日期 deposition_date2025-06-11
结构标题 titleCo-crystal of broadly neutralizing biparatopic VHH in complex with cardiotoxin (P01468) Naja pallida
关键词 keywordsnanobody, VHH, antibody, toxin, snake toxin, snake venom, neutralizing, cytotoxin, biparatopic; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.19 Å
零角强度 I(0) i028989700.00
分子量 molecular_weight39870.0 kDa
排除体积 excluded_volume49378 ų
包络体积 envelope_volume61845 ų
水化壳体积 shell_volume22944 ų
包络直径 envelope_diameter83.9 Å
壳层 Rg shell_rg29.44 Å
包络 Rg envelope_rg23.17 Å
形状 Rg shape_rg23.17 Å
总 Rg total_rg24.07 Å
总原子数 total_atoms2800
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.8 Å
Rg (实空间) rg_real23.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28990000.0000
解质量估计 total_estimate0.9017
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.6 Å
偏度 Skewness skewness0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.444
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3490000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.983
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)