9rm2

BKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein VP1

Betapolyomavirus hominis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	319C07 antibody heavy chain, Fab fragment × 5 319C07 antibody light chain, Fab fragment × 5 CHLORIDE ION × 9 TRIETHYLENE GLYCOL × 9 1,2-ETHANEDIOL × 23 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 15	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP1_POVBK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 F； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 K； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 O； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 P； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rm2
沉积日期 deposition_date	2025-06-17
结构标题 title	BKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB
关键词 keywords	FAB ANTIBODY BKPyV VP1 virus capsid, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rm2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rm2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rm2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.20 Å
Rg（电子密度）	49.94 Å
总 Rg	50.37 Å
原子数	27450
残基数	3522
排除体积	487240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rm2__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	319C07 antibody heavy chain, Fab fragment
分子量 formula_weight	24208.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,D,G,M
原子数 atom_count	29832

QVQLQQWGAGLLKPSETLSLTCAVYRGSFSAYYWTWFRQPPGKGLEWIGEINHRGYTNYNPSLRGRVSISVDTSKKQFSLKLRSVNAADTAVYYCATLRSTSGWHDYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	319C07 antibody light chain, Fab fragment
分子量 formula_weight	23297.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B,E,J,N

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQTPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFVVYFCLQYGSSPLTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Major capsid protein VP1
分子量 formula_weight	32965.4 kDa
突变 mutation	C105S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,C,F,K,O

MAPTKRKGECPGAAPKKPKEPVQVPKLLIKGGVEVLEVKTGVDAITEVECFLNPEMGDPDENLRGFSLKLSAENDFSSDSPERKMLPCYSTARIPLPNLNEDLTSGNLLMWEAVTVQTEVIGITSMLNLHAGSQKVHEHGGGKPIQGSNFHFFAVGGDPLEMQGVLMNYRTKYPDGTITPKNPTAQSQVMNTDHKAYLDKNNAYPVECWVPDPSRNENTRYFGTFTGGENVPPVLHVTNTATTVLLDEQGVGPLCKADSLYVSAADICGLFTNSSGTQQWRGLARYFKIRLRKRSVKNPY

来源 Source

来源生物 organism	Betapolyomavirus hominis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1891762
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2156

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晶胞边长 a length_a	109.349 Å
晶胞边长 b length_b	172.078 Å
晶胞边长 c length_c	113.144 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	91.870 Å
R 因子 r_factor	0.1889
R_work r_work	0.1874
R_free r_free	0.2182

BKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rm2__assembly_1__model_1

9rm2__assembly_1__model_1 | I(q)

9rm2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

BKPyV VP1 IN COMPLEX WITH 319C07-FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rm2__assembly_1__model_1

9rm2__assembly_1__model_1 | I(q)

9rm2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)