9rma

Cryo-EM structure of alphaM I-domain:C3d-anti-CR3-Nb complex focused refinement from the alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 92.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Integrin alpha-M

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–770	未记录	C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RMA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHO MAC-1 I DOMAIN MAGNESIUM COMPLEX 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100MM MGCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1BHQ MAC-1 I DOMAIN CADMIUM COMPLEX 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	未记录	CD CADMIUM ION × 3 ACE ACETYL GROUP × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 10MM CDCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1IDN MAC-1 I DOMAIN METAL FREE 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 1 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN 链 2 149–337（189 aa）片段：MAC-1 ALPHA DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100 MM NA ACETATE 5.0; 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.70 Å
1IDO I-DOMAIN FROM INTEGRIN CR3, MG2+ BOUND 提交 1996-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–331（184 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.70 Å
1JLM I-DOMAIN FROM INTEGRIN CR3, MN2+ BOUND 提交 1996-04-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 143–334（192 aa）片段：I-DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1M1U AN ISOLEUCINE-BASED ALLOSTERIC SWITCH CONTROLS AFFINITY AND SHAPE SHIFTING IN INTEGRIN CD11B A-DOMAIN 提交 2002-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 139–331（193 aa）片段：CD11b A-domain, Residues 123-315	突变：C128S	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG8K, 0.1M Tris-HCl 8.2, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1MF7 INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN 提交 2002-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：I domain	突变：A318C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.25 Å R-free 0.223
1N9Z INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN MUTANT 提交 2002-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：alpha M I domain	突变：C128A D132C K315C	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3000, sodium chloride, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.278
1NA5 INTEGRIN ALPHA M I DOMAIN 提交 2002-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 144–335（192 aa）片段：Alpha M I domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 8000, sodium chloride, potassium citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
2LKE Structures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-2 Cytoplasmic Tails 提交 2011-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1129–1152（24 aa）片段：C-terminal domain, UNP residues 1129-1152	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；308 K；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-1, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-2, 10 mM sodium phosphate-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-5, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-6, 10 mM sodium phosphate-7, 100 % [U-99% 2H] D2O-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LKJ Structures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-2 Cytoplasmic Tails 提交 2011-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1129–1152（24 aa）片段：C-terminal domain, UNP residues 1129-1152	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-P-ALPHA-M-1, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-2, 10 mM sodium phosphate-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [1H] MYR-P-ALPHA-M-5, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-6, 10 mM sodium phosphate-7, 100 % [U-99% 2H] D2O-8, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3Q3G Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2010-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 5 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3Q3G Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2010-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3Q3G Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2010-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3Q3G Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2010-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；15% PEG4000, Tris pH 8.2, 0.3M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
3QA3 Crystal Structure of A-domain in complex with antibody 提交 2011-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 148–337（190 aa）片段：UNP residues 148-337	突变：I316G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；298 K；13% PEG8000, Tris pH 8.2, 0.25M NaCl, 10mM CaCl2, 1mM PMSF, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.224
4M76 Integrin I domain of complement receptor 3 in complex with C3d 提交 2013-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 143–337（195 aa）片段：unp residues 143-337	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 3350, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
4XW2 Structural basis for simvastatin competitive antagonism of complement receptor 3 提交 2015-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SIM Simvastatin acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
6RHW Crystal structure of human CD11b I-domain (CD11b-I) in complex with Staphylococcus aureus octameric bi-component leukocidin LukGH 提交 2019-04-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 143–337（195 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；Crystallization drops were prepared by mixing 1.0 uL LukGH/huCD11b-I complex (5.2 mg/mL) in 25 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM MgCl2 with 0.5 uL reservoir solution containing 30% (v/v) Jeffamine-600 and 10% (v/v) DMSO.	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
7AKK Structure of a complement factor-receptor complex 提交 2020-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 143–337（195 aa）链 H 143–337（195 aa）	突变：C128S,I316G 突变：C128S,I316G	GOL GLYCEROL × 3 K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000	分辨率 3.40 Å R-free 0.229
7P2D Structure of alphaMbeta2/Cd11bCD18 headpiece in complex with a nanobody 提交 2021-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–772（756 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；1:1 ratio with reservoir containing 1.25 M sodium malonate, 76 mM HEPES pH 8.0, 24 mM HEPES pH 6.5, and 0.5% Jeffamine ED2001 pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.295
7USL Integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab 提交 2022-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 17–1104（1088 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 33 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7USM Integrin alphaM/beta2 ectodomain 提交 2022-04-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1104（1088 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8CE6 Crystal structure of human Cd11b I domain in P212121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 GOL GLYCEROL × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15M ammonium sulfate 25% PEG4000 15% glycerol	分辨率 1.58 Å R-free 0.208
8CE9 Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG Smear Medium 0.1M cacodylate pH 5.5 0.2M ammonium sulfate	分辨率 2.11 Å R-free 0.239
8CE9 Crystal structure of human Cd11b I domain in C121 space group 提交 2023-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 149–337（189 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；25% PEG Smear Medium 0.1M cacodylate pH 5.5 0.2M ammonium sulfate	分辨率 2.11 Å R-free 0.239
8VOH HADDOCK models of human alphaM I-domain bound to the the N-terminal domain of the cytokine pleiotrophin 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 147–340（194 aa）片段：I-domain, residues 147-340	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.2 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 1 mM The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] The N-terminal domain of pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8VOI HADDOCK models of active human alphaM I-domain bound to the the C-terminal domain of the cytokine pleiotrophin 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 148–331（184 aa）片段：I-domain, residues 148-331	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM The C-terminal Domain of Pleiotrophin, 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] active human alphaM I-domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9GMU Structure ofhuman aM ligand binding domain in complex with the aCR3 nanobody 提交 2024-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 1.5 M Li2S04.	分辨率 3.80 Å R-free 0.298
9GMU Structure ofhuman aM ligand binding domain in complex with the aCR3 nanobody 提交 2024-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–337（193 aa）片段：UNP residues 145-337	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 1.5 M Li2S04.	分辨率 3.80 Å R-free 0.298
9RM9 Cryo-EM structure of alphaM/beta2 headpiece complex without alphaM I-domain - the consensus map from alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex 提交 2025-06-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.60 Å
9T3Y Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO2 3D class reconstruction) 提交 2025-10-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.44 Å
9T5V Cryo-EM structure of alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex (HPO1 3D class reconstruction) 提交 2025-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–773（757 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 3.06 Å
9T5W Cryo-EM structure of mutant R61H alphaM/beta2 headpiece complex 提交 2025-11-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–770（754 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0.02 % w/v CHAPS added to sample just before vitrification	分辨率 2.74 Å
9T5Z Cryo-EM structure of alphaM/beta2:MEM148-Fab headpiece complex (without alphaM I-domain) 提交 2025-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 17–771（755 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 30 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITAM_HUMAN
Isoform	P11215-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–754； UniProt 17–770

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rma
沉积日期 deposition_date	2025-06-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of alphaM I-domain:C3d-anti-CR3-Nb complex focused refinement from the alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex
关键词 keywords	phagocytosis, integrin, opsonisation, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.25 Å
零角强度 I(0) i0	75054100.00
分子量 molecular_weight	68318.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85617 Å³
包络体积 envelope_volume	108510 Å³
水化壳体积 shell_volume	31203 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.15 Å
包络 Rg envelope_rg	29.02 Å
形状 Rg shape_rg	29.23 Å
总 Rg total_rg	29.98 Å
总原子数 total_atoms	9555
残基数 n_residues	607
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9068
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.705
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.895

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Integrin alpha-M
分子量 formula_weight	83989.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9557

FNLDTENAMTFQENARGFGQSVVQLQGSRVVVGAPQEIVAANQRGSLYQCDYSTGSCEPIRLQVPVEAVNMSLGLSLAATTSPPQLLACGPTVHQTCSENTYVKGLCFLFGSNLRQQPQKFPEALRGCPQEDSDIAFLIDGSGSIIPHDFRRMKEFVSTVMEQLKKSKTLFSLMQYSEEFRIHFTFKEFQNNPNPRSLVKPITQLLGRTHTATGIRKVVRELFNITNGARKNAFKILVVITDGEKFGDPLGYEDVIPEADREGVIRYVIGVGDAFRSEKSRQELNTIASKPPRDHVFQVNNFEALKTIQNQLREKIFAIEGTQTGSSSSFEHEMSQEGFSAAITSNGPLLSTVGSYDWAGGVFLYTSKEKSTFINMTRVDSDMNDAYLGYAAAIILRNRVQSLVLGAPRYQHIGLVAMFRQNTGMWESNANVKGTQIGAYFGASLCSVDVDSNGSTDLVLIGAPHYYEQTRGGQVSVCPLPRGQRARWQCDAVLYGEQGQPWGRFGAALTVLGDVNGDKLTDVAIGAPGEEDNRGAVYLFHGTSGSGISPSHSQRIAGSKLSPRLQYFGQSLSGGQDLTMDGLVDLTVGAQGHVLLLRSQPVLRVKAIMEFNPREVARNVFECNDQVVKGKEAGEVRVCLHVQKSTRDRLREGQIQSVVTYDLALDSGRPHSRAVFNETKNSTRRQTQVLGLTQTCETLKLQLPNCIEDPVSPIVLRLNFSLVGTPLSAFGNLRPVLAEDAQRLFTALFPFEKNTGGENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C3d-anti-CR3-Nb fusion ligand
分子量 formula_weight	51073.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGWSCIILFLVATATGVHQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCTTSGFTFDDYAIGWFRQAPGKEREGVSCISSSEGKYYSDGGGGSGGGGSGGGGSVDAERLKHLIVTPSGSGEQNMIGMTPTVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTAYVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKDMALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMGRLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQRYYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAPDHKGGGGSGRFTISSDNAKNTVYLQMNNLKPEDTAVYYCAAEWNNFGRLCMYPDYWGQGTQVTVSSENLYFQGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Lama glama

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.940 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	184079

fit	/app/data/saxs_computation/rm/9rma/9rma.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rm/9rma/9rma.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rm/9rma/9rma.dat

Cryo-EM structure of alphaM I-domain:C3d-anti-CR3-Nb complex focused refinement from the alphaM/beta2:C3d-anti-CR3-Nb headpiece complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Integrin alpha-M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)