9rq4

Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry D06

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rq4
沉积日期 deposition_date	2025-06-25
结构标题 title	Fragment screening of FosAKP, cryo structure in complex with fragment F2X-entry D06
关键词 keywords	antibiotic resistance, fosfomycin, fragment screening, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.04 Å
零角强度 I(0) i0	16567300.00
分子量 molecular_weight	30828.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38510 Å³
包络体积 envelope_volume	43224 Å³
水化壳体积 shell_volume	19687 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.71 Å
包络 Rg envelope_rg	18.29 Å
形状 Rg shape_rg	18.03 Å
总 Rg total_rg	19.00 Å
总原子数 total_atoms	4264
残基数 n_residues	274
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8142
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3756000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	FosA family fosfomycin resistance glutathione transferase
分子量 formula_weight	16309.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5110

MLSGLNHLTLAVSQLAPSVAFYQQLLGMTLHARWDSGAYLSCGDLWLCLSLDPQRRVTPPEESDYTHYAFSISEADFASFAARLEAAGVAVWKLNRSEGASHYFLDPDGHKLELHVGSLAQRLAACREQPYKGMVFFEQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(3-methoxyphenyl)(pyrrolidin-1-yl)methanone
分子量 formula_weight	205.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	461

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	68.072 Å
晶胞边长 b length_b	89.671 Å
晶胞边长 c length_c	44.926 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.180 Å
最低分辨率 resolution_low	54.220 Å
R 因子 r_factor	0.1406
R_work r_work	0.1394
R_free r_free	0.1630

fit	/app/data/saxs_computation/rq/9rq4/9rq4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rq/9rq4/9rq4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rq/9rq4/9rq4.dat