9rqs

Human APE1 in complex with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rqs
沉积日期 deposition_date	2025-06-26
结构标题 title	Human APE1 in complex with DNA
关键词 keywords	Hydrolase, APE1, AP site, DNA; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.30 Å
零角强度 I(0) i0	29547000.00
分子量 molecular_weight	37400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44871 Å³
包络体积 envelope_volume	52859 Å³
水化壳体积 shell_volume	22362 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.51 Å
包络 Rg envelope_rg	19.78 Å
形状 Rg shape_rg	19.04 Å
总 Rg total_rg	20.82 Å
总原子数 total_atoms	5001
残基数 n_residues	290
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8084
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.303
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5934000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair nuclease/redox regulator APEX1, mitochondrial
分子量 formula_weight	31528.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5195

GEGPALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKGLDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQCPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVAEFDSFVLVTAYVPNAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGFGELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPCPGPTPGPAPGPTPCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3639.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CCCGTGAGTCCG

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPAPCPT(LIG)P(AS)PCPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3627.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CGGACTXACGGG

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.122 Å
晶胞边长 b length_b	71.707 Å
晶胞边长 c length_c	75.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	35.838 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1925
R_free r_free	0.2279

fit	/app/data/saxs_computation/rq/9rqs/9rqs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rq/9rqs/9rqs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rq/9rqs/9rqs.dat

Human APE1 in complex with DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)