SAXSdb — 9rrs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Rep40

adeno-associated virus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Capsid protein × 60 （Q8JQF8） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 60 MAGNESIUM ION × 60 water × 120	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Capsid protein × 1 （Q8JQF8） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Capsid protein × 5 （Q8JQF8） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 10	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Capsid protein × 6 （Q8JQF8） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Capsid protein × 1 （Q8JQF8） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REP40_AAV2S
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–336； UniProt 1–312

Capsid protein

adeno-associated virus 8

UniProt Q8JQF8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	Protein Rep40 × 60 （Q89269） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 60 MAGNESIUM ION × 60 water × 120	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein Rep40 × 1 （Q89269） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Protein Rep40 × 5 （Q89269） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MAGNESIUM ION × 5 water × 10	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Protein Rep40 × 6 （Q89269） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MAGNESIUM ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein Rep40 × 1 （Q89269） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8JQF8_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–738； UniProt 1–738

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rrs
沉积日期 deposition_date	2025-06-28
结构标题 title	AAV8 capsid in complex with Rep40 and ADP
关键词 keywords	Adeno-associated virus, AAV, AAA+ ATPase, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rrs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rrs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	111.70 Å
总 Rg	112.00 Å
原子数	512520
残基数	32880
排除体积	4610800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rrs__assembly_1__model_1`	120-meric （120）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9rrs__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`9rrs__assembly_3__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`9rrs__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`9rrs__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Rep40
分子量 formula_weight	44148.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9192

EQNKENQNPNSDAPVIRSKTSARYMELVGWLVDKGITSEKQWIQEDQASYISFNAASNSRSQIKAALDNAGKIMSLTKTAPDYLVGQQPVEDISSNRIYKILELNGYDPQYAASVFLGWATKKFGKRNTIWLFGPATTGKTNIAEAIAHTVPFYGCVNWTNENFPFNDCVDKMVIWWEEGKMTAKVVESAKAILGGSKVRVDQKCKSSAQIDPTPVIVTSNTNMCAVIDGNSTTFEHQQPLQDRMFKFELTRRLDHDFGKVTKQEVKDFFRWAKDHVVEVEHEFYVKKGGAKKRPAPSDADISEPKRVRESVAQPSTSDAEASINYADRLARGHSLGSLVPRGSGGGGSGGGGSGGGGSMDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKGSENLYFQSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	adeno-associated virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10804
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	81833.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWALKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLQAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEPSPQRSPDSSTGIGKKGQQPARKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPAAPSGVGPNTMAAGGGAPMADNNEGADGVGSSSGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISNGTSGGATNDNTYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLSFKLFNIQVKEVTQNEGTKTIANNLTSTIQVFTDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFQFTYTFEDVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTQTTGGTANTQTLGFSQGGPNTMANQAKNWLPGPCYRQQRVSTTTGQNNNSNFAWTAGTKYHLNGRNSLANPGIAMATHKDDEERFFPSNGILIFGKQNAARDNADYSDVMLTSEEEIKTTNPVATEEYGIVADNLQQQNTAPQIGTVNSQGALPGMVWQNRDVYLQGPIWAKIPHTDGNFHPSPLMGGFGLKHPPPQILIKNTPVPADPPTTFNQSKLNSFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEIQYTSNYYKSTSVDFAVNTEGVYSEPRPIGTRYLTRNL

来源 Source

来源生物 organism	adeno-associated virus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	202813
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	217

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分辨率 resolution	1.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	125371

AAV8 capsid in complex with Rep40 and ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Rep40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rrs__assembly_1__model_1

9rrs__assembly_1__model_1 | I(q)

9rrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

AAV8 capsid in complex with Rep40 and ADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Rep40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rrs__assembly_1__model_1

9rrs__assembly_1__model_1 | I(q)

9rrs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)