9rti

Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 15 ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]propanamide × 1 ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]prop-2-enamide × 1 D-MALATE × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WRN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–427； UniProt 517–941

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rti
沉积日期 deposition_date	2025-07-02
结构标题 title	Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7
关键词 keywords	DNA Damage Repair, Inhibitor, Complex, Helicase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rti__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rti__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.82 Å
Rg（电子密度）	21.89 Å
总 Rg	22.74 Å
原子数	3374
残基数	401
排除体积	60163 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rti__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;
分子量 formula_weight	48597.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,5.6.2.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3645

GMNEGEEDDDKDFLWPAPNEEQVTCLKMYFGHSSFKPVQWKVIHSVLEERRDNVAVMATGYGKSLCFQYPPVYVGKIGLVISPLISLMEDQVLQLKMSNIPACFLGSAQSENVLTDIKLGKYRIVYVTPEYCSGNMGLLQQLEADIGITLIAVDEAHCISEWGHDFRDSFRKLGSLKTALPMVPIVALTATASSSIREDIVRCLNLRNPQITCTGFDRPNLYLEVRRKTGNILQDLQPFLVKTSSHWEFEGPTIIYCPSRKMTQQVTGELRKLNLSCGTYHAGMSFSTRKDIHHRFVRDEIQCVIATIAFGMGINKADIRQVIHYGAPKDMESYYQEIGRAGRDGLQSSCHVLWAPADINLNRHLLTEIRNEKFRLYKLKMMAKMEKYLHSSRCRRQIILSHFEDKQVQKASLGIMGTEKCCDNCRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]propanamide
分子量 formula_weight	311.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]prop-2-enamide
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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晶胞边长 a length_a	122.018 Å
晶胞边长 b length_b	122.018 Å
晶胞边长 c length_c	104.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.197 Å
最低分辨率 resolution_low	17.850 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2456
R_free r_free	0.2735

Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rti__assembly_1__model_1

9rti__assembly_1__model_1 | I(q)

9rti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Bifunctional 3'-5' exonuclease/ATP-dependent helicase WRN ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rti__assembly_1__model_1

9rti__assembly_1__model_1 | I(q)

9rti__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)