SAXSdb — 9s53

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein DSN1

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSN1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Ds； PDB构建体 1–576； UniProt 1–576

Kinetochore-associated protein MTW1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P39731

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTW1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Mt； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

Kinetochore-associated protein NNF1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P47149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NNF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Nn； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

Kinetochore-associated protein NSL1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12143

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Ns； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9s53
沉积日期 deposition_date	2025-07-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain
关键词 keywords	Kinetochore, chromosome segregation, mitosis, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9s53__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9s53__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9s53__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.44 Å
Rg（电子密度）	37.05 Å
总 Rg	37.15 Å
原子数	8379
残基数	613
排除体积	88622 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9s53__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein DSN1
分子量 formula_weight	65777.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ds
原子数 atom_count	8379

MSLEPTQTVSGTPPMLHQRTHKQVYPLRMETIPILESDSKATLQSNEPTQKDEEETEYFENKQSVSNLSPDLKFKRHKNKHIQGFPTLGERLDNLQDIKKAKRVENFNSSAPIADDNHSGDATANATANATANATANVNASAMPAPYMPYYYYYHPMNAPTPAMIPYPGSPMHSIMPNSSLQPFYSQPTAAGGPDMTTPQNISSSQQLLPAPQLFPYGSFHQQQLQQPHYIQRTRERKKSIGSQRGRRLSMLASQANGGSTIISPHKDIPEEDFYTVVGNASFGKNLQIRQLFNWCLMRSLHKLELKAKNQEEEGELEHLTKKSKLESTKAETDYVDPKRLAMVIIKEFVDDLKKDHIAIDWEDEEKYEDEDEEKILDNTENYDDTELRQLFQENDDDDDDDDEVDYSEIQRSRRKFSERRKALPKEPKKLLPNSKNVENTKNLSILTSKVNAIKNEVKEWAVTLDTSRPDLEWQELTSFSSQPLEPLSDTEEPDLAIADVETKLETKVDELRYQSHILNSHSLALNEITNSKVNKLNIETMRKISSETDDDHSQVINPQQLLKGLSLSFSKKLDL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein MTW1
分子量 formula_weight	33291.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Mt

MSAPTMRSTSILTEHLGYPPISLVDDIINAVNEIMYKCTAAMEKYLLSKSKIGEEDYGEEIKSGVAKLESLLENSVDKNFDKLELYVLRNVLRIPEEYLDANVFRLENQKDLVIVDENELKKSEEKLREKVNDVELAFKKNEMLLKRVTKVKRLLFTIRGFKQKLNELLKCKDDVQLQKILESLKPIDDTMTLLTDSLRKLYVDSESTSSTEEVEALLQRLKTNGKQNNKDFRTRYIDIRTNNVLRKLGLLGDKEDEKQSAKPDARTQAGDIVSIDIEEPQLDLLDDVL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NNF1
分子量 formula_weight	23668.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Nn

MVNSHGIRYIRLKQVFNRALDQSISKLQSWDKVSSCFPQYVNSKQGAINVANCQRQLTEFWTELCQREFKEIMEERNVEQKLNELDELILEAKERYTDRDQDEVNKGPAIDELSSKELVECHLYSQRMHAIHEIDERLAKVNEMNDQLAQELKDLETQVEVEKNEIGKMYDEYLGSHTDQPANVLLVQSLNDMVLELKENY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NSL1
分子量 formula_weight	25448.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ns

MSQGQSKKLDVTVEQLRSIYHQFHDILEEKTDLHLPKKEYDDDAVRREVQIQLQEFLLSAMTMASKSLEVVNADTVGKTVKQLIMESQEKYMEPFDLDLNEQVRKMYQEWEDETVKVAQLRQTGPAKINEVYNNSKDEYLAQLDGRIGVLQARMMQQQSADHDDSTDDADDHINWEHIKQDYVASLNELYQTQQDLPKVRYNVEKVKRLMDFLEED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18160

Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein DSN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein MTW1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein NNF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein NSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s53__assembly_1__model_1

9s53__assembly_1__model_1 | I(q)

9s53__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein DSN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein MTW1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein NNF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kinetochore-associated protein NSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9s53__assembly_1__model_1

9s53__assembly_1__model_1 | I(q)

9s53__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)