SAXSdb — 9scw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Coxsackievirus B1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	MYRISTIC ACID × 24	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 180	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CXB1J
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 1； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 8； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 A； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 AC； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 AG； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 AK； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 AO； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 E； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 I； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 M； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 Q； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 U； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 Y； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 c； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 g； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 k； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 o； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 s； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 w； PDB构建体 1–263； UniProt 571–848 作者链 2； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 5； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 9； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 AD； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 AH； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 AL； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 AP； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 F； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 J； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 N； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 R； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 V； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 Z； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 d； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 h； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 l； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 p； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 t； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 x； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 3； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 6； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 AA； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 AE； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 AI； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 AM； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 AQ； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 G； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 K； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 O； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 S； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 W； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 a； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 e； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 i； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 m； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 q； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 u； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 y； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 4； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 L； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 P； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 T； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 X； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 b； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 f； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 j； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9scw
沉积日期 deposition_date	2025-08-12
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Crystal structure of Coxsackie B1 virus-like particle delta-palxa
关键词 keywords	coxsackievirus B1, VIRUS-LIKE PARTICLE, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9scw__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9scw__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9scw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	138.40 Å
总 Rg	138.30 Å
原子数	605268
残基数	41148
排除体积	5523900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9scw__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9scw__assembly_2__model_1`	180-meric （180）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	29729.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,A,E,Y,g,I,M,Q,U,c,k,o,s,w,0,8,AC,AG,AK,AO
原子数 atom_count	211656

GPVEESVERAMVRVADTVSSRPTNSQVVPSDTMQTRHVKNYHSRSESSIENFLCRAACVYYATYTNNSEKGYAEWVINTRQVAQLRRKLELFTYLRFDLELTFVITSAQQPSTATSVDAPVQTHQIMYVPPGGPVPTKVTDYAWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSCFYDGWTQFSRNGVYGINTLNNMGTLYMRHVNEAGQGPIKSTVRIYFKPKHVKAWVPRPPRLCQYEKQKNVNFTPTGVTTTRVGITTT

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	29137.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,B,F,Z,h,J,N,R,V,d,l,p,t,x,5,9,AD,AH,AL,AP

SPSAEECGFSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPEYLKDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVQWMKNSAGWWWKLPDALSQMGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSNLNNTPEFAELSGGDTARMFTDTQIGETNSKKVQTAVWNAGMGVGVGNLTIYPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHNNLTLMIIPFVPLNYSEGSSPYVPITVTIAPMCAEYNGLRLASSQ

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26268.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3,C,G,a,i,K,O,S,W,e,m,q,u,y,6,AA,AE,AI,AM,AQ

GLPVMTTPGSTQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMQIPGRVNNLMEIAEVDSVVPVNNTEANVNSLKAYQIPVQSNSDNGKQVFGFPLQPGANGVLNRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGVPKNRKDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCVPWISQTHYRYVVEDEYTAAGYITCWYQTNIVVPADVQSSCDILCFVSACNDFSVRMLKDTPFIRQDTFYQ

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7498.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4,D,H,b,j,L,P,T,X,f

MGAQVSTQKTGAHETGLNASGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMIKSMPALN

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	343.999 Å
晶胞边长 b length_b	343.999 Å
晶胞边长 c length_c	457.065 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 3 1 2
空间群编号 int_tables_number	149
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	97.040 Å
R 因子 r_factor	0.2941
R_work r_work	0.2932
R_free r_free	0.3097

Crystal structure of Coxsackie B1 virus-like particle delta-palxa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9scw__assembly_2__model_1

9scw__assembly_2__model_1 | I(q)

9scw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Coxsackie B1 virus-like particle delta-palxa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9scw__assembly_2__model_1

9scw__assembly_2__model_1 | I(q)

9scw__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)