9t5u

Chlorophyll f-containing monomeric far-red Photosystem II from Calothrix sp. NIES-3974

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息，但缺少统一蛋白身份时，不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly	物理组成	蛋白状态	蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	17 / 0 / 0 / 0	与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9t5u
沉积日期 deposition_date	2025-11-06
结构标题 title	Chlorophyll f-containing monomeric far-red Photosystem II from Calothrix sp. NIES-3974
关键词 keywords	Chlorophyll f, photosystem II, ELECTRON TRANSPORT, FaRLiP; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9t5u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9t5u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9t5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.91 Å
Rg（电子密度）	39.74 Å
总 Rg	40.28 Å
原子数	21332
残基数	2174
排除体积	398730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9t5u__assembly_1__model_1`	17-meric （17）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (34)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PsbA
分子量 formula_weight	40209.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	21449

MTTISQPKTTRFPAWERFCDWITSTENRLYIGWFGVLMIPLLGVSICVFVIAFIAAPPVDIDGIREPVAGSIFYGNNIITAAVVPMSNAIGLHFYPIWEAASMDEWLYNGGPYQMIAFHYIPALACYMGREWELSYRLGMRPWIAVAYSAPLAATTSVFLIYPIGQGSFSDGLPMGISGTFNFMFVFQAEHNILMHPLHMIGVAGVLGGSLFCAMHGSLVTSSIIRETTELESQNYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVICIWGTAIGISTMAFNLNGFNFNNSILDSQGRVLPSWADVLNRANLGFEVMHERNAHNFPLDLASGEAIPVPVAMAAPSITM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PsbB
分子量 formula_weight	56801.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLIAVHLMHTALTAGWAGSMALYELALFDPSDSVFNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWAGWNITGEAVNGFTLWTFESVAAAHIILAGLLFLAACWHWVYWDLELFQDPKSGESFLDLPKIFGIHLLLAGLLCFGFGAFHLTGIFGPGMWVSDPYGLTGHIQGVAPEWGPDGFNPYNPGGVVAHHIAAGIVGIIGGIFHISVRPPEVLYRTLRMGNIETVLASALATFFFAAFVVSGTMWYGTATTPIELFGPTRYQWDSSYFQTEISRRVQTSLNQGATLAEAWSNIPDKLAFYDYVGNSPAKGGLFRVGPMVKGDGVALSWLGHPVFQDREGRELIVRRMPNFFETFPVVLTDKDNIVRADIPFRRADSKLSFEQTGVTVSFLGGALNGQTFSDPVEVKKYARRAQLGEIFAFDTQTFKSDGIFRTSTRGWFAFAHACWGLLWFFGHIWHGARTIFRDVFAGIDPELDEEQVEFGVFQKVGDVSTRKKQLV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PsbC
分子量 formula_weight	50618.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METPLDISITTTISPPASEGRDEPSTGYAWWAGNARFVNKSGRFLGAHVAHAGLVAFWAGAMLLFEVAHYTPEKPMYEQGLILMPHIATLGIGVGHGGEVTDIFPFFAIAVAHLIGSAVLGFGGLYHSLKGPEKLAGFFDFDWRDKNKVTSILGFHLIALGVAAYLLVGKAMIWGGLYDTWAPGGGDVRLVTNPTLDPRIIFGYLLKPFTGGQGSIVSVNNLEDLVGGHIWIGGILILGGIWHIITEPFKWTHKVFIWSGEAYLSQSLGNVAGQAIIATMFIWFNNTAYPSEFYGPTAPEASQAQALIFVVRDQKLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDVRAPWLEPLRGPNGLDIKKIQNDIQPWQIRRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSFNFVSPRTWLAAAHFVFFLLFLVGHLWHAGRARAAAAGFERGLDRQDEPVLSMKPLD

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PsbD
分子量 formula_weight	39942.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTIAIRPTQSNWRWFYILDDWLKRDRFVFIGWSGLLLFPCAYLAIGGWFTGTTFVSSWYTHGVVSSYLEGCNFLTAAVSTPADSMGHSLLLLWGPEAEGNITRWFQIGGLWNFVAFHGVFGLIGFMLRQFEIARTIGIRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSSWFFAPSFGVAAIFRFLLFFQAFHNYTLNPFHMMGVAGVLGGALLCAIHGATVENTLFKDTTGFNTFRGFSTTQAEETYSFVTANRYWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSAIGMVGLAFNLRAYDFISQELRAAEDPEFETFYTKNILLNEGARAWMAPQDQPHEHFQFPEEVLPRGNAL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PsbE
分子量 formula_weight	9382.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSGTTGERPFGDIITSIRYWVIHSITIPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFTQTRQELPIVSDRYESKKQVEQFIGK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PsbF
分子量 formula_weight	5224.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTSSNNLNQPVQQYPIFTVRWLAVHTLAVPTVFFLGAIAAMQFIQR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PsbH
分子量 formula_weight	7636.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAQRTRLGDILRPLNSEYGKVAPGWGTTPLMAVFMGLFFVFLLIILQLYNKSIIIQDVMVDWRSLGN

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	PsbI
分子量 formula_weight	4367.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLALKVVVYIVVAFFVSLFVFGFLSNDPARNPGRRDFE

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	PsbJ
分子量 formula_weight	3872.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MSGGGRIPLWIVATVAGLGVITVVGIFFYGAYAGLGSSI

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	PsbK
分子量 formula_weight	5062.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MEAAILLAKLPEAYQIFDPLVDVLPIIPVFFLLLAFVWQAAVGFR

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	PsbL
分子量 formula_weight	4546.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MERTPNPNNQPVELNRTSLFLGLLLIFVLGILFSSYFFN

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	PsbM
分子量 formula_weight	4300.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MQVNDLGFVASLLFVLVPSVFLIILYTLTASREGGQKDN

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	PsbY
分子量 formula_weight	4444.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MDIDFRIAIVLAPIAVAAGWAVFNIGRAALVQLQNFLNKEA

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	PsbT
分子量 formula_weight	3973.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MESIAYVLIFAVTLGILFFAIAFREPPRIQKKEK

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	PsbX
分子量 formula_weight	4381.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MTPSLANFLWSLFWGTVIVVIPATVALIFISQSDKIQRS

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Ycf12
分子量 formula_weight	4421.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MFEALASIKWEVIFQLTAVALIMLSGPIVIFLLAVRKGDL

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	PsbZ
分子量 formula_weight	6740.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTFIFQFALLALVVVSFAMVIGVPVAYATPQSWVESKKLLWLGSAVWAALVVLVGILNFLVV

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL D
分子量 formula_weight	895.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 29 Entity 29 non-polymer

描述 description	Chlorophyll F
分子量 formula_weight	905.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 30 Entity 30 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 31 Entity 31 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 32 Entity 32 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 33 Entity 33 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 34 Entity 34 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	285844

Chlorophyll f-containing monomeric far-red Photosystem II from Calothrix sp. NIES-3974

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目的 assembly 组成

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9t5u__assembly_1__model_1

9t5u__assembly_1__model_1 | I(q)

9t5u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (34)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer

实体 15 Entity 15 polymer

聚合物 Polymer

实体 16 Entity 16 polymer

聚合物 Polymer

实体 17 Entity 17 polymer

聚合物 Polymer

实体 18 Entity 18 non-polymer

实体 19 Entity 19 non-polymer

实体 20 Entity 20 non-polymer

实体 21 Entity 21 non-polymer

实体 22 Entity 22 non-polymer

实体 23 Entity 23 non-polymer

实体 24 Entity 24 non-polymer

实体 25 Entity 25 non-polymer

实体 26 Entity 26 non-polymer

实体 27 Entity 27 non-polymer

实体 28 Entity 28 non-polymer

实体 29 Entity 29 non-polymer

实体 30 Entity 30 non-polymer

实体 31 Entity 31 non-polymer

实体 32 Entity 32 non-polymer

实体 33 Entity 33 non-polymer

实体 34 Entity 34 water

7. 引用文献 (1)