SAXSdb — 9t9e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 270–443	未记录	A1JUQ ~{N}2-[3-(dimethylamino)propyl]-7-ethoxy-~{N}4-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinoline-2,4-diamine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 20 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.	分辨率 1.70 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9T9E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B2T Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and phosphothreonine 3 提交 2005-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 B 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 C 268–373（106 aa）片段：residues 268-373	突变：C436M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C436M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00	分辨率 2.45 Å R-free 0.266
2B2U Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and dimethylarginine 2 提交 2005-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 B 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 C 268–373（106 aa）片段：residues 268-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00	分辨率 2.95 Å R-free 0.290
2B2V Crystal structure analysis of human CHD1 chromodomains 1 and 2 bound to histone H3 resi 1-15 MeK4 提交 2005-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 B 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 C 268–373（106 aa）片段：residues 268-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00	分辨率 2.65 Å R-free 0.266
2B2W Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 提交 2005-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 B 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 C 268–373（106 aa）片段：residues 268-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
2B2Y Tandem chromodomains of human CHD1 提交 2005-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 B 268–443（176 aa）片段：residues 268-443 链 C 268–373（106 aa）片段：residues 268-373	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, 10mM BTP, pH 8.0, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00	分辨率 2.35 Å R-free 0.264
2N39 NMR solution structure of a C-terminal domain of the chromodomain helicase DNA-binding protein 1 提交 2015-05-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1409–1511（103 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 1409-1511)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 440 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] CHD1-C, 20 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.003 w/v sodium azide, 0.2 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS), 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4B4C Crystal structure of the DNA-binding domain of human CHD1. 提交 2012-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1119–1327（209 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1119-1327	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE PH 3.5	分辨率 1.62 Å R-free 0.226
4NW2 Tandem chromodomains of human CHD1 in complex with Influenza virus NS1 C-terminal tail trimethylated at K229 提交 2013-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–443（176 aa）片段：UNP residues 268-443	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 18 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
4NW2 Tandem chromodomains of human CHD1 in complex with Influenza virus NS1 C-terminal tail trimethylated at K229 提交 2013-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 268–443（176 aa）片段：UNP residues 268-443	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 13 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
4O42 Tandem chromodomains of human CHD1 in complex with influenza NS1 C-terminal tail dimethylated at K229 提交 2013-12-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–443（176 aa）片段：UNP residues 268-443	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；15% PEG3350, 0.1 succinic acid, pH 7, temperature 291K	分辨率 1.87 Å R-free 0.221
5AFW Assembly of methylated LSD1 and CHD1 drives AR-dependent transcription and translocation 提交 2015-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 270–443（174 aa）片段：RESIDUES 270-443	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M L-PROLINE, 10% (W/V) PEG3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
8UMG Chromodomains of human CHD1 complexed with UNC10142 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 268–445（178 aa）链 B 268–445（178 aa）链 C 268–445（178 aa）	突变：+KK 突变：+KK 突变：+KK	X31 1-{4-[{2-(azonan-1-yl)-6-methoxy-7-[3-(piperidin-1-yl)propoxy]quinazolin-4-yl}(methyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES	分辨率 3.10 Å R-free 0.320
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 W 2–1327（1326 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 W 2–1327（1326 aa）	未记录	ARG ARGININE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9T9F Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2l 提交 2025-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–443（174 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A1JUR 2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-7-ethoxy-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.	分辨率 1.35 Å R-free 0.208
9T9G Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinazoline-based inhibitor 1q 提交 2025-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–443（174 aa）	未记录	A1JUO 2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-7-ethoxy-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinazolin-4-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 20 mM, 10 % (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
9T9H Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2n 提交 2025-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–443（174 aa）	未记录	A1JUP 7-ethoxy-2-[4-[(4-methoxyphenyl)methylamino]piperidin-1-yl]-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
9T9I Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2s 提交 2025-11-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–443（174 aa）	未记录	A1JUS 7-ethoxy-2-[4-[[4-[[1-(2-methoxyethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]phenyl]methylamino]piperidin-1-yl]-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.	分辨率 1.55 Å R-free 0.217

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 270–443

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9t9e
沉积日期 deposition_date	2025-11-14
结构标题 title	Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2b
关键词 keywords	Chromatin Remodeler, Chromodomain, Epigenetic Reader, Inhibitor, Prostate Cancer, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.45 Å
零角强度 I(0) i0	14839100.00
分子量 molecular_weight	19326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18672 Å³
包络体积 envelope_volume	31624 Å³
水化壳体积 shell_volume	15155 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.49 Å
包络 Rg envelope_rg	18.84 Å
形状 Rg shape_rg	18.42 Å
总 Rg total_rg	19.14 Å
总原子数 total_atoms	1462
残基数 n_residues	172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8638
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.166
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1718000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
分子量 formula_weight	20483.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1617

EFETIERFMDCRIGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQNVRGMKKLDNYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIAHSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSECSWEDGALISKKFQACIDEYFSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}2-[3-(dimethylamino)propyl]-7-ethoxy-~{N}4-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinoline-2,4-diamine
分子量 formula_weight	461.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.730 Å
晶胞边长 b length_b	46.096 Å
晶胞边长 c length_c	110.012 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	28.700 Å
R 因子 r_factor	0.2037
R_work r_work	0.2027
R_free r_free	0.2208

fit	/app/data/saxs_computation/t9/9t9e/9t9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t9/9t9e/9t9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t9/9t9e/9t9e.dat

Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction