SAXSdb — 9tep

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Lomovskayavirus C31

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	attB53_Fw × 1 attB53_Rv × 1 Recombination directionality factor × 2 （Q9T216） ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9T221_BPPHC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–625； UniProt 1–605 作者链 B； PDB构建体 21–625； UniProt 1–605

Recombination directionality factor

Lomovskayavirus C31

UniProt Q9T216

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Integrase × 2 （Q9T221） attB53_Fw × 1 attB53_Rv × 1 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDF_BPPHC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 28–271； UniProt 1–244 作者链 J； PDB构建体 28–271； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9tep
沉积日期 deposition_date	2025-11-25
结构标题 title	PhiC31 integraseS12A-attB-RDF complex
关键词 keywords	Serine integrase, Recombinase, Site-specific recombination, RDF, DNA, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9tep__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9tep__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9tep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.69 Å
Rg（电子密度）	49.91 Å
总 Rg	49.85 Å
原子数	14859
残基数	1724
排除体积	255520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9tep__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	69566.4 kDa
突变 mutation	S12A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14859

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMDTYAGAYDRQARERENSSAASPATQRSANEDKAADLQREVERDGGRFRFVGHFSEAPGTSAFGTAERPEFERILNECRAGRLNMIIVYDVSRFSRLKVMDAIPIVSELLALGVTIVSTQEGVFRQGNVMDLIHLIMRLDASHKESSLKSAKILDTKNLQRELGGYVGGKAPYGFELVSETKEITRNGRMVNVVINKLAHSTTPLTGPFEFEPDVIRWWWREIKTHKHLPFKPGSQAAIHPGSITGLCKRMDADAVPTRGETIGKKTASSAWDPATVMRILRDPRIAGFAAEVIYKKKPDGTPTTKIEGYRIQRDPITLRPVELDCGPIIEPAEWYELQAWLDGRGRGKGLSRGQAILSAMDKLYCECGAVMTSKRGEESIKDSYRCRRRKVVDPSAPGQHEGTCNVSMAALDKFVAERIFNKIRHAEGDEETLALLWEAARRFGKLTEAPEKSGERANLVAERADALNALEELYEDRAAGAYDGPVGRKHFRKQQAALTLRQQGAEERLAELEAAEAPKLPLDQWFPEDADADPTGPKSWWGRASVDDKRVFVGLFVDKIVVTKSTTGRGQGTPIEKRASITWAKPPTDDDEDDAQDGTEDVAATS

来源 Source

来源生物 organism	Lomovskayavirus C31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10719
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	attB53_Fw
分子量 formula_weight	16314.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCGCGGTGCGGGTGCCAGGGCGTGCCCTTGGGCTCCCCGGGCGCGTACTCCAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	attB53_Rv
分子量 formula_weight	16359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GTGGAGTACGCGCCCGGGGAGCCCAAGGGCACGCCCTGGCACCCGCACCGCGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Recombination directionality factor
分子量 formula_weight	30669.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMAMAKRSIWAGDEDNKPKKRETYADDTVGRFHSGYSETNERGKVVPVALDKWRISTGEQSVADAVAQLFGGTPVENEESTSENFIDVFTDRPKVPVIIEADGIHWDMKLWLNGKLKHHCDGFDFVSHADEEMIGQPCGCPKLFDERKAAAKEYDAPNPAITVTFTLADDPELGRFKFQTGSWTLFKVLHEAEDDVERVGKGGAVLANLELELVEYTPKRGPMRNKLVSYYKPTITVLKSYNDAIAD

来源 Source

来源生物 organism	Lomovskayavirus C31
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10719
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	30771

PhiC31 integraseS12A-attB-RDF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Recombination directionality factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9tep__assembly_1__model_1

9tep__assembly_1__model_1 | I(q)

9tep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

PhiC31 integraseS12A-attB-RDF complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Recombination directionality factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9tep__assembly_1__model_1

9tep__assembly_1__model_1 | I(q)

9tep__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)