9tjx

Structure of factor VII Gla domain bound to EPCR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial protein C receptor

Homo sapiens

UniProt Q9UNN8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–210 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 18–210 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 18–210 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 18–210 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPCR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–195; UniProt 18–210 作者链 B; PDB构建体 3–195; UniProt 18–210 作者链 C; PDB构建体 3–195; UniProt 18–210 作者链 D; PDB构建体 3–195; UniProt 18–210

Factor VII light chain

物种未注明

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 61–92 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Endothelial protein C receptor × 1 (Q9UNN8) ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 61–92 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Endothelial protein C receptor × 1 (Q9UNN8) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 61–92 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Endothelial protein C receptor × 1 (Q9UNN8) PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295
4 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 61–92 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Endothelial protein C receptor × 1 (Q9UNN8) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CA CALCIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;295 K;0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris PH 8.5, 12 % w/v PEG 8000 分辨率 3.00 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–32; UniProt 61–92 作者链 F; PDB构建体 1–32; UniProt 61–92 作者链 L; PDB构建体 1–32; UniProt 61–92 作者链 R; PDB构建体 1–32; UniProt 61–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9tjx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9tjx
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9tjx
沉积日期 deposition_date2025-12-08
结构标题 titleStructure of factor VII Gla domain bound to EPCR
关键词 keywordsFactor VII, activated factor VII, EPCR, GLA DOMAIN, COMPLEX, CALCIUM IONS, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.25
零角强度 I(0) i0143531000.00
分子量 molecular_weight96505.0 kDa
排除体积 excluded_volume120220 ų
包络体积 envelope_volume169560 ų
水化壳体积 shell_volume37202 ų
包络直径 envelope_diameter127.1
壳层 Rg shell_rg43.21
包络 Rg envelope_rg38.60
形状 Rg shape_rg39.19
总 Rg total_rg39.72
总原子数 total_atoms6756
残基数 n_residues755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.8
Rg (实空间) rg_real39.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real1.4350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7940
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.2
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.713
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11760000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.815; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)