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9u5l

4-alpha-glucanotransferase from Thermus thermophilus STB20

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-alpha-glucanotransferase

Thermus thermophilus

UniProt O87172

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–500 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293.15 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 35% PEG 3350 分辨率 2.10 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9U5L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CWY CRYSTAL STRUCTURE OF AMYLOMALTASE FROM THERMUS AQUATICUS, A GLYCOSYLTRANSFERASE CATALYSING THE PRODUCTION OF LARGE CYCLIC GLUCANS 提交 1999-08-27 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–500（500 aa） 片段：MALQ
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, ETHYLENE GLYCOL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.222
1ESW X-RAY STRUCTURE OF ACARBOSE BOUND TO AMYLOMALTASE FROM THERMUS AQUATICUS. IMPLICATIONS FOR THE SYNTHESIS OF LARGE CYCLIC GLUCANS 提交 2000-04-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–500（500 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；Bicine, PEG 8000, Ethylene glycol, NaCl , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.219
1FP8 STRUCTURE OF THE AMYLOMALTASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 IN SPACE GROUP P21212 提交 2000-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–500（500 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；12% PEG 20000, 100 mM MES (2-N-morpholino- ethanesulfonic acid) buffer, 3 mM HgCl2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
1FP9 STRUCTURE OF AMYLOMALTASE FROM THERMUS THERMOPHILUS HB8 IN SPACE GROUP C2 提交 2000-08-31 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–500（500 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；12% PEG 20000, 100 mM maleate buffer, 0.1% (w/v) maltotriose, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.290
5JIW Crystal structure of Thermus aquaticus amylomaltase (GH77) in complex with a 34-meric cycloamylose 提交 2016-04-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–500（500 aa）
突变：D293A,D395N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CO3 CARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0 M NaKphosphate pH 7
分辨率 1.73 Å R-free 0.188

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALQ_THETH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9u5l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9u5l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9u5l
沉积日期 deposition_date2025-03-21
最后修订 last_revision2025-04-23
结构标题 title4-alpha-glucanotransferase from Thermus thermophilus STB20
关键词 keywordsAlpha amylase, Thermoduric, Disproportionation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.09 Å
零角强度 I(0) i050471200.00
分子量 molecular_weight56762.0 kDa
排除体积 excluded_volume71539 ų
包络体积 envelope_volume82789 ų
水化壳体积 shell_volume29248 ų
包络直径 envelope_diameter81.5 Å
壳层 Rg shell_rg30.86 Å
包络 Rg envelope_rg23.18 Å
形状 Rg shape_rg23.06 Å
总 Rg total_rg24.07 Å
总原子数 total_atoms4033
残基数 n_residues496
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real5.0470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal50470000.0000
解质量估计 total_estimate0.8896
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3 Å
偏度 Skewness skewness0.195
峰度 Kurtosis kurtosis-0.405
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11800000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)